Pèfòmans kat anplifikasyon asid nikleyik pou idantifye SARS-CoV-2 nan peyi Letiopi

Mèsi paske w vizite Nature.com. W ap itilize yon vèsyon navigatè ak sipò CSS limite. Pou pi bon eksperyans, nou rekòmande pou w sèvi ak yon navigatè ki ajou (oswa enfim mòd konpatibilite nan Internet Explorer). Anplis de sa, asire sipò kontinyèl, nou montre sit la san estil ak JavaScript.
Montre yon Carousel twa glisad alafwa. Sèvi ak bouton Previous ak Next pou deplase nan twa glisad alafwa, oswa itilize bouton kurseur nan fen a pou w deplase nan twa glisad nan yon moman.
Depi epidemi maladi kowonaviris (COVID-19) 2019 la, anpil tès komèsyal anplifikasyon asid nikleyik (NAATs) yo te devlope atravè mond lan epi yo vin tounen tès estanda. Malgre ke plizyè tès yo te byen vit devlope ak aplike nan tès dyagnostik laboratwa, pèfòmans nan tès sa yo pa te evalye nan yon varyete de anviwònman. Se poutèt sa, etid sa a te vize evalye pèfòmans Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, ak Sansure Biotech tès yo lè l sèvi avèk Composite Reference Standard (CRS). Etid la te fèt nan Enstiti Sante Piblik Etyopyen (EPHI) soti 1 rive 30 desanm 2020. Yo te ekstrè 164 echantiyon nasopharyngeal lè l sèvi avèk QIAamp RNA mini kit la ak sistèm preparasyon echantiyon ADN Abbott la. Nan 164 espesimèn, 59.1% te pozitif ak 40.9% te negatif pou CRS. Sansure Biotech pozitivite te siyifikativman ba konpare ak CRS (p <0.05). Sansure Biotech pozitivite te siyifikativman ba konpare ak CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Rezilta pozitif Sansure Biotech yo te siyifikativman pi ba konpare ak CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech te gen anpil mwens rezilta pozitif konpare ak CRS (p <0.05).Akò an jeneral nan kat analiz yo te 96.3-100% konpare ak CRS. Anplis de pousantaj pozitivite ki ba nan tès Sansure Biotech la, pèfòmans kat tès yo te prèske konparab. Kòm sa yo, Sansure Biotech [Research Only (RUO)] tès la mande pou plis validation pou itilize li nan peyi Letiopi. Finalman, yo ta dwe konsidere rechèch adisyonèl pou evalye tès ak reklamasyon manifakti ki apwopriye yo.
Tès laboratwa fè pati Plan Estratejik Òganizasyon Mondyal Lasante (OMS) pou Preparasyon ak Repons pou Maladi Coronavirus (COVID-19) 2019 (SPRP). OMS konseye ke peyi yo bezwen bati kapasite laboratwa pou amelyore preparasyon, jesyon ka apwopriye, vijilans ak repons rapid nan defi sante piblik. Sa a sijere ke wòl nan laboratwa a se kle nan karakterize maladi a ak epidemyoloji nan émergentes ajan enfektye ak kontwole pwopagasyon yo.
Dyagnostik COVID-19 mande pou enfòmasyon epidemyolojik ak medikal, sentòm/siy pèsonèl, ak done radyografi ak laboratwa2. Depi yo te rapòte epidemi COVID-19 la nan Wuhan, Lachin, anpil tès komèsyal anplifikasyon asid nikleyik (NAAT) yo te devlope atravè mond lan. Yo te itilize an tan reyèl transkripsyon ranvèse polymerase chèn reyaksyon (rRT-PCR) kòm yon metòd woutin ak estanda pou dyagnostik laboratwa enfeksyon nan sendwòm respiratwa egi grav 2 (SARS-CoV-2)3. Deteksyon molekilè SARS-CoV-2 anjeneral baze sou jèn N (jèn pwoteyin nukleokapsid), E (jèn pwoteyin anvlòp), ak RdRp (jèn RNA-depandan RNA polymerase) nan ORF1a/b (ankadreman lekti louvri 1a/b) . jèn) rejyon idantifye nan genòm viral la. Yo konsidere yo kòm rejyon prensipal yo konsève yo jwenn nan genòm viral pou rekonesans viris4. Pami jèn sa yo, jèn RdRp ak E gen gwo sansiblite deteksyon analyse, pandan y ap jèn N gen sansiblite analyse ki ba5.
Pèfòmans tès PCR yo ka varye selon plizyè faktè tankou: reyaktif ekstraksyon, reyaktif anplifikasyon/deteksyon, metòd ekstraksyon, kalite machin PCR la ak lòt enstriman. Depi avril 2020, plis pase 48 aparèy dyagnostik diferan ki soti nan nèf peyi yo te resevwa Otorizasyon pou Itilizasyon Ijans (EUA) pou dyagnostik COVID-196. Nan peyi Letiopi, plis pase 14 platfòm PCR an tan reyèl yo itilize pou deteksyon PCR nan SARS-CoV-2 nan 26 enstitisyon sante piblik, ki gen ladan ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ak Quant-studio7. Anplis de sa, gen plizyè twous tès PCR ki disponib, tankou tès Daan Gene, tès Abbott SARS-CoV-2, tès Sansure Biotech, ak tès SARS-CoV-2 BGI. Malgre ke rRT-PCR trè sansib, kèk pasyan ki gen COVID-19 rapòte fo rezilta negatif akòz ensifizan kopi asid ribonukleik viral (RNA) nan echantiyon yo akòz move koleksyon, transpò, depo ak manyen, ak tès laboratwa. kondisyon ak aksyon pèsonèl8. Anplis de sa, echantiyon oswa kontwòl move manyen, papòt sik (Ct) anviwònman, ak kwa-reaktivite ak lòt asid nikleyik patojèn oswa inaktif / rezidyèl SARS-CoV-2 RNA ka mennen nan rezilta fo pozitif nan tès rRT-PCR9. Kidonk, li klè ke tès PCR yo ka tout bon idantifye pòtè fragman jèn yo, paske yo pa menm pa ka fè distenksyon ant jèn viral ki vrèman aktif, kidonk tès yo ka sèlman idantifye pòtè yo epi yo pa pasyan10. Se poutèt sa, li enpòtan pou evalye pèfòmans dyagnostik lè l sèvi avèk metòd estanda nan anviwònman nou an. Malgre ke anpil reyaktif NAAT yo disponib nan Enstiti Sante Piblik Etyopi a (EPHI) ak nan tout peyi a, pa gen okenn evalyasyon konparatif nan efikasite yo poko rapòte. Se poutèt sa, etid sa a te vize evalye pèfòmans konparatif nan twous ki disponib nan komès pou deteksyon SARS-CoV-2 pa rRT-PCR lè l sèvi avèk espesimèn klinik.
Yon total de 164 patisipan ki gen sispèk COVID-19 te enkli nan etid sa a. Majorite echantiyon yo te soti nan sant tretman (118/164 = 72%), pandan y ap rès 46 (28%) patisipan yo te soti nan sant ki pa tretman. Pami patisipan yo pa te trete nan sant la, 15 (9.1%) te gen klinik sispèk ka ak 31 (18.9%) te gen kontak nan ka konfime. Katreventrez (56.7%) patisipan yo te gason, ak laj mwayèn (± SD) patisipan yo te 31.10 (± 11.82) ane.
Nan etid sa a, yo te detèmine pousantaj pozitif ak negatif nan kat tès pou COVID-19. Kidonk, pousantaj pozitif tès Abbott SARS-CoV-2, tès Daan Gene 2019-nCoV, tès SARS-CoV-2 BGI, ak tès Sansure Biotech 2019-nCoV yo te 59.1%, 58.5%, 57.9% ak 55.5% respektivman. . Nòt estanda referans konpoze pozitif ak negatif (CRS) yo te 97 (59.1%) ak 67 (40.9%), respektivman (Tablo 1). Nan etid sa a, definisyon CRS la te baze sou règ "nenpòt ki pozitif", kote sou kat rezilta tès yo, de oswa plis rezilta tès ki bay menm rezilta a te konsidere kòm vre pozitif oswa negatif.
Nan etid sa a, nou te jwenn yon akò pousantaj negatif (NPA) nan 100% (95% CI 94.6-100) pou tout analiz konpare ak CRS. Analiz Sansure Biotechnology te montre yon PPA minim 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ak analiz Daan Gene 2019-nCoV te gen yon akò jeneral 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Kontrèman, akò jeneral ant tès SARS-CoV-2 BGI a ak tès Sansure Biotech 2019-nCoV te 98.8% ak 96.3%, respektivman (Tablo 2).
Koyefisyan kappa akò Cohen ant CRS ak rezilta tès Abbott SARS-CoV-2 te konplètman konsistan (K = 1.00). Menm jan an tou, valè kappa Cohen yo detekte pa Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, ak Sansure Biotech 2019-nCoV yo konplètman konsistan avèk CRS (K ≥ 0.925). Nan analiz konparatif sa a, tès chi-kare a (tès McNemar) te montre rezilta tès Sansure Biotech 2019-nCoV yo te siyifikativman diferan de rezilta CRS (p = 0.031) (Tablo 2).
Jan yo montre nan Fig.1 pousantaj ki pi ba valè Ct (< 20 Ct) nan tès Abbott SARS-CoV-2 (konbine RdRp ak N jèn) te 87.6% ak ORF1a/b valè Ct nan jèn Sansure Biotech 2019-nCoV te montre ke pousantaj la nan ba. Valè Ct (<20 Ct) te 50.3% ak valè Ct segondè (36-40 Ct) te 3.2%. 1 pousantaj ki pi ba valè Ct (< 20 Ct) nan tès Abbott SARS-CoV-2 (konbine RdRp ak N jèn) te 87.6% ak ORF1a/b valè Ct nan jèn Sansure Biotech 2019-nCoV te montre ke pousantaj la nan ba. Valè Ct (<20 Ct) te 50.3% ak valè Ct segondè (36-40 Ct) te 3.2%.Jan yo montre nan Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N, 6си 8 тав, 6сл8 и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20, лста) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, pousantaj analiz ki pi ba valè Ct (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 (konbine jèn RdRp ak N) te 87.6%, ak valè Ct analiz jèn ORF1a/b Sansure Biotech 2019-nCoV te montre. ke pousantaj ki ba Ct valè (<20 Ct) te konte pou 50.3%, ak gwo valè Ct. (36-40 Ct) te reprezante 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20%，San 876%，Bio） 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)–40 Ct (36)–40.的百分比为3.2%。 Jan yo montre nan Figi 1, pousantaj valè Ct ki pi ba (< 20 Ct) tès Abbott SARS-CoV-2 (konbinezon RdRp ak jèn N) se 87.6%, valè Ct ORF1a/b nan tès Sansure Biotech 2019-nCoV. montre pousantaj ki ba Ct值(< 20 Ct) 的 se 50.3%, Pousantaj 高Ct 值(36–40 Ct) 的 se 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое низкое ннтроеций гены RdRp и N Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV поканиз клат. Jan yo montre nan Figi 1, tès Abbott SARS-CoV-2 (konbine jèn RdRp ak N) te gen pi ba pousantaj Ct valè (<20 Ct) nan 87.6%, pandan y ap valè Ct jèn ORF1a/b nan Sansure. Etid Biotech 2019 - Analiz nCoV te montre yon Ct ki ba. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 2,2%. Pousantaj valè (< 20 Ct) te 50.3%, ak pousantaj valè Ct segondè (36-40 Ct) te 3.2%.Tès Abbott SARS-CoV-2 B anrejistre valè Ct pi wo pase 30. Nan lòt men an, sou tès BGI SARS-CoV-2 jèn ORF1a/b te gen yon gwo valè Ct (> 36 Ct) pousantaj te 4% (Fig. 1). Nan lòt men an, sou tès BGI SARS-CoV-2 jèn ORF1a/b te gen yon gwo valè Ct (> 36 Ct) pousantaj te 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент ков 4% (рис. 1). Nan lòt men an, nan analiz la nan BGI SARS-CoV-2 jèn ORF1a / b te gen yon valè Ct segondè (> 36 Ct), pousantaj la ki te 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一4% Nan lòt men an, nan deteksyon BGI SARS-CoV-2, pousantaj jèn ORF1a/b ki gen gwo valè Ct (> 36 Ct) se 4% (Figi 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) сос. Nan lòt men an, nan analiz BGI SARS-CoV-2, pousantaj jèn ORF1a/b ak gwo valè Ct (> 36 Ct) te 4% (Fig. 1).
Nan etid sa a, nou te pran 164 echantiyon nasopharyngeal. Pou tout kalite tès, yo te fè izòlman RNA ak anplifikasyon lè l sèvi avèk metòd ak twous yo rekòmande pa manifaktirè respektif yo.
Etid sa a te demontre ke tès Abbott pou SARS-CoV-2 gen menm pèfòmans deteksyon ak CRS, ak 100% pozitif, negatif, ak konkordans jeneral. Akò kappa Cohen a se 1.00, ki endike akò konplè ak CRS. Yon etid menm jan an pa University of Washington nan peyi Etazini an te jwenn ke sansiblite an jeneral ak espesifik nan tès la Abbott pou SARS-CoV-2 te 93% ak 100%, respektivman, konpare ak tès la detèmine nan laboratwa (LDA) nan CDC la. . 11. Sistèm deteksyon Abbott SARS-CoV-2 la baze sou deteksyon konbine similtane jèn N ak RdRp, paske tou de jèn yo pi sansib, pou minimize fo negatif12. Yon etid nan Vyèn, Otrich te montre tou ke gwo komèsan echantiyon ekstraksyon ak volim eluyan deteksyon minimize efè dilution ak ogmante efikasite deteksyon13. Kidonk, match pafè Abbott pou tès SARS-CoV-2 ka asosye ak yon sistèm deteksyon platfòm ki an menm tan detekte jèn konbinatwa, ekstrè yon gwo kantite echantiyon (0.5 ml), epi sèvi ak yon gwo kantite eluyan (40 µl).
Rezilta nou yo te montre tou ke pèfòmans deteksyon tès jenetik Daan te prèske menm jan ak CRS. Sa a konsistan avèk yon etid14 ki fèt nan Anhui University nan Huainan, Lachin, ak reklamasyon manifakti a nan 100% akò pozitif. Malgre rapò sou rezilta konsistan, yon echantiyon te fo negatif apre yo fin teste menm eluate a, men li te pozitif nan tès Abbott SARS-CoV-2 ak Sansure Biotech nCoV-2019. Sa a sijere ke ka gen varyasyon nan rezilta atravè diferan kalite tès. Men, nan etid la te fèt nan China15, rezilta tès Daan Gene te siyifikativman diferan (p <0.05) konpare ak tès referans laboratwa yo. Men, nan etid la te fèt nan China15, rezilta tès Daan Gene te siyifikativman diferan (p <0.05) konpare ak tès referans laboratwa yo. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном (5) (5) их лабораторного эталонного анализа. Sepandan, nan yon etid nan China15, rezilta analiz Daan Gene a te siyifikativman diferan (p <0.05) de analiz referans laboratwa yo.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p <0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значните поль 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Sepandan, nan yon etid nan China15, rezilta tès jenetik Daan a te siyifikativman diferan (p <0.05) konpare ak tès laboratwa referans li yo.Diferans sa a ka akòz sansiblite tès referans lan pou detekte SARS-CoV-2, epi plis etid ka enpòtan pou detèmine kòz la.
Anplis de sa, etid nou an evalye pèfòmans konparatif tès SARS-CoV-2 BGI a ak CRS, ki montre ekselan akò pousantaj pozitif (PPA = 97.9%), akò pousantaj negatif (NPA = 100%), ak akò pousantaj jeneral pa sèks ( OPA). ). = 98.8%). Valè Kappa Cohen yo te montre yon bon akò (K = 0.975). Etid nan Netherlands16 ak Lachin15 te montre rezilta konsistan. Tès SARS-CoV-2 BGI a se yon tès deteksyon sèl jèn (ORF1a/b) lè l sèvi avèk 10 µl anplifikasyon/deteksyon eluate. Malgre bon akò estatistik ak rezilta referans nou yo, analiz la rate de echantiyon pozitif (1.22%) nan echantiyon total la. Sa a ka gen gwo enplikasyon klinik pou dinamik transmisyon nan nivo pasyan an ak nivo kominote a.
Yon lòt analiz konparatif ki enkli nan etid sa a te Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) esè; pousantaj match la an jeneral te 96.3%. Fòs akò a te detèmine tou pa valè Kappa Cohen a, ki te 0.925, ki endike akò konplè ak CRS la. Yon fwa ankò, rezilta nou yo idantik ak etid ki fèt nan Santral South University nan Changsha, Lachin, ak nan Depatman laboratwa klinik Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, Lachin17. Menm si bon konkordans estatistik anwo a te anrejistre, tès chi-kare a (tès MacNemar) te montre ke rezilta tès Sansure Biotech la te gen yon diferans estatistik siyifikatif konpare ak CRS (p <0.005). Menm si bon konkordans estatistik anwo a te anrejistre, tès chi-kare a (tès MacNemar) te montre ke rezilta tès Sansure Biotech la te gen yon diferans estatistik siyifikatif konpare ak CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано указанное выше хорошее статистическое сототировано хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически злесч зальтат по сравнению с CRS (p <0,005). Malgre ke bon akò estatistik pi wo a te anrejistre, tès la chi-kare (tès McNemar) te montre ke rezilta a nan Sansure Biotech tès la te gen yon diferans estatistik siyifikatif konpare ak CRS la (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 最验检玞朚方检验（相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， biotech 检 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。＼。。）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратрат (критерат)) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ak CRS. Malgre bon akò estatistik ki te note pi wo a, tès chi-kare a (tès McNemar) te montre yon diferans estatistik enpòtan (p <0.005) ant tès Sansure Biotech ak CRS la.Sis echantiyon (3.66%) yo te jwenn fo negatif konpare ak CRS (Tablo Siplemantè 1); sa a trè enpòtan, espesyalman bay dinamik transmisyon viris la. Done ki anwo yo sipòte tou pousantaj deteksyon ki ba sa a15.
Nan etid sa a, yo te detèmine valè Ct pou chak tès ak platfòm respektif yo, ak pi ba valè Ct an mwayèn rapòte nan tès Abbott SARS-CoV-2. Rezilta sa a ka gen rapò ak sistèm tès jenetik konbine similtane Abbott pou deteksyon SARS-CoV-2. Se poutèt sa, dapre Figi 1, 87.6% nan rezilta Abbott SARS-CoV-2 te gen valè Ct pi ba pase 20. Se sèlman yon ti kantite rezilta echantiyon (12.4%) te nan seri a 20-30. Valè Ct pi wo a 30 pa te anrejistre. Anplis itilizasyon fòma tès jenetik panèl SARS-CoV-2 Abbott, rezilta sa a ka gen rapò ak limit deteksyon ki pi ba (32.5 kopi RNA/mL)18, ki se twa fwa pi ba pase limit pi ba konpayi an nan 100 kopi RNA. /mL. ml)19.
Etid sa a gen kèk limit: premyèman, nou pa gen metòd estanda/referans [tankou chaj viral oswa lòt tès laboratwa (LDA)] akòz mank resous. Dezyèmman, tout espesimèn yo te itilize nan etid sa a se te prelèvman nasopharyngeal, pandan ke rezilta yo pa t aplikab a lòt kalite echantiyon, ak twazyèm, gwosè echantiyon nou an te piti.
Etid sa a konpare pèfòmans kat tès rRT-PCR pou SARS-CoV-2 lè l sèvi avèk echantiyon nasopharyngeal. Tout tès deteksyon te gen pèfòmans prèske konparab, eksepte tès Sansure Biotech la. Anplis de sa, yo te idantifye to pozitif ki ba nan tès Sansure Biotech konpare ak CRS (p <0.05). Anplis de sa, yo te idantifye to pozitif ki ba nan tès Sansure Biotech konpare ak CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нсни 5 (CRS 0,5). Anplis de sa, tès Sansure Biotech te montre yon pousantaj ki ba nan rezilta pozitif konpare ak CRS (p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по срав не,5 (CRS,5). Anplis de sa, tès Sansure Biotech la te gen yon to pozitif pi ba konpare ak CRS (p <0.05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) analiz PPA, NPA ak akò an jeneral depase 93.5% ak yon valè akò Cohen Kappa fòs 0.925. Finalman, Sansure Biotech Assay (RUO) bezwen plis validation pou itilize nan peyi Letiopi, epi yo ta dwe konsidere plis rechèch pou evalye reklamasyon manifakti endividyèl yo.
Konsepsyon etid konparatif te fèt nan kat etablisman sante nan Addis Abeba, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital, ak Lopital Espesyalis Tibèkiloz St. Done yo te kolekte ant 1ye desanm ak 31, 2020. Yo te chwazi etablisman medikal yo pou etid sa a selon gwo kantite ka yo ak disponiblite gwo sant tretman nan vil la. Menm jan an tou, yo te chwazi enstriman mizik, ki gen ladan ABI 7500 ak Abbott m2000 an tan reyèl PCR enstriman yo, dapre rekòmandasyon manifaktirè reyaktif NAAT yo, epi yo te chwazi kat twous deteksyon PCR pou etid sa a, paske pifò laboratwa nan peyi Letiopi te itilize omwen omwen. kat nan yo. Tès Gene, tès Abbott SARS-CoV-2, tès Sansure Biotech, ak tès SARS-CoV-2 BGI ki fèt pandan etid la).
Yo te fè tès pou SARS-CoV-2 soti 1 rive 30 desanm 2020 lè l sèvi avèk 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Lachin) nan men moun ki anba envestigasyon pou COVID-19 refere yo bay EPHI. Echantiyon nasopharyngeal yo te kolekte pa pèseptè echantiyon ki resevwa fòmasyon epi yo te voye bay EPHI nan pake trip. Anvan izolasyon asid nikleyik, yo bay chak echantiyon yon nimewo idantifikasyon inik. Fè ekstraksyon nan chak echantiyon imedyatman lè yo rive lè l sèvi avèk metòd ekstraksyon manyèl ak otomatik. Kidonk, pou fè ekstraksyon otomatik Abbott m2000, 1.3 ml (ki gen ladan 0.8 ml volim mouri ak 0.5 ml volim inlet ekstraksyon) echantiyon an te extrait nan chak echantiyon epi yo te pase nan Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Yon pakèt 96 [92 echantiyon, de kontwòl deteksyon ak de kontwòl ki pa modèl (NTC)] te enkli nan pwosesis an jeneral (rekipere ak deteksyon) nan de jij SARS-CoV-2 (EUA) an tan reyèl. min. Menm jan an tou, pou ekstraksyon manyèl, sèvi ak echantiyon yo menm (pou ekstraksyon otomatik ak dekouvèt). Kidonk, pandan tout pwosesis la, echantiyon 140 µl yo te aliquot ak ekstrè lè l sèvi avèk QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Almay) nan lo 24 (ki gen ladan 20 echantiyon, de kontwòl tès ak de NTCs) sou nèf jij. Manyèlman ekstrè eluate yo te anplifye ak detekte lè l sèvi avèk yon sikilasyon tèmik ABI 7500 lè l sèvi avèk tès SARS-CoV-2 BGI, tès Daan Gene, ak tès Sansure Biotech.
Izolasyon otomatik ak pirifikasyon RNA viral SARS-CoV-2 swiv prensip pèl mayetik la lè l sèvi avèk reyaktif preparasyon echantiyon ADN Abbott. Inaktivasyon echantiyon yo ak solubilizasyon patikil viral yo te pote soti lè l sèvi avèk yon detèjan ki gen guanidine isothiocyanate pou denatire pwoteyin nan ak inaktive RNase. Lè sa a, RNA a separe de pwoteyin nan lè l sèvi avèk separasyon faz solid lè l sèvi avèk silica, sa vle di sèl guanidinium la ak pH alkalin nan tanpon lysis la ankouraje lyezon asid nikleyik yo nan silica (SiO2). Etap rense a retire rès pwoteyin ak debri pou pwodui yon solisyon klè. RNA transparan izole nan mikropartikil ki baze sou silica lè l sèvi avèk jaden mayetik enstriman an20,21. Nan lòt men an, se izolasyon manyèl ak pirifikasyon nan RNA te pote soti nan metòd la kolòn vire lè l sèvi avèk santrifujasyon olye pou yo yon kanpe mayetik ak separasyon nan mikropartikil soti nan eluyan an.
Tès deteksyon Abbott an tan reyèl SARS-CoV-2 (Abbott Molecular, Inc.) te fèt dapre enstriksyon manifakti a, ki te resevwa EUA19,22 nan men OMS ak FDA. Nan pwotokòl sa a, echantiyon inaktivasyon anvan ekstraksyon te fèt nan yon beny dlo nan 56 ° C pou 30 min. Apre inaktivasyon viris, yo te fè ekstraksyon asid nikleyik sou yon enstriman Abbott m2000 SP ki soti nan 0.5 ml VTM lè l sèvi avèk yon sistèm preparasyon echantiyon ADN Abbott m2000. dapre manifakti a. Anplifikasyon ak deteksyon yo te fèt lè l sèvi avèk yon enstriman Abbott m2000 RT-PCR, epi yo te fè deteksyon doub pou jèn RdRp ak N yo. ROX) ak VIC P (koloran pwopriyetè) pou vize ak deteksyon kontwòl entèn yo, ki pèmèt deteksyon similtane tou de pwodwi anplifikasyon 19 .
Metòd deteksyon anplifikasyon twous sa a baze sou teknoloji RT-PCR yon sèl etap. Jèn ORF1a/b ak N yo te chwazi kòm rejyon konsève pa Daan Gene Technology pou detekte anplifikasyon rejyon sib yo. Jadendanfan espesifik ak sond fliyoresan (sond jèn N ki make ak FAM, sond ORF1a/b ki make ak VIC) yo te fèt pou detekte SARS-CoV-2 RNA nan echantiyon yo. Eluyan final la ak melanj mèt yo te prepare lè yo ajoute 5 µl eluyan a 20 µl melanj mèt la nan yon volim final 25 µl. Anplifikasyon ak deteksyon yo te fèt ansanm sou yon enstriman PCR an tan reyèl ABI 750024.
Jèn ORF1a/b ak N yo te detekte lè l sèvi avèk Sansure Biotech nCoV-2019 Twous dyagnostik asid nikleyè (deteksyon PCR fliyoresan). Prepare sond espesifik pou chak jèn sib lè w chwazi kanal FAM pou rejyon ORF1a/b ak kanal ROX pou jèn N la. Nan twous tès sa a, eliyan ak reyaktif melanj mèt yo ajoute jan sa a: prepare 30 µl reyaktif melanj mèt ak 20 µl echantiyon elite pou deteksyon/anplifikasyon. An tan reyèl PCR ABI 750025 te itilize pou anplifikasyon/deteksyon.
Tès SARS-CoV-2 BGI a se yon twous rRT-PCR fliyoresan an tan reyèl pou dyagnostik COVID-19. Rejyon sib la sitiye nan rejyon ORF1a/b nan genomic SARS-CoV-2, ki se yon metòd deteksyon jèn sèl. Anplis de sa, jèn moun β-aktin nan antretyen se yon jèn sib entèn reglemante. Prepare melanj mèt la lè w melanje 20 µl reyaktif melanj mèt la ak 10 µl echantiyon RNA ekstrè nan yon plak byen26. Yo te itilize yon ABI 7500 fliyoresan enstriman PCR an tan reyèl pou anplifikasyon ak deteksyon. Tout anplifikasyon asid nikleyik, kondisyon PCR kouri pou chak tès, ak entèpretasyon rezilta yo te fèt dapre enstriksyon manifakti respektif yo (Tablo 3).
Nan analiz konparatif sa a, nou pa t sèvi ak metòd referans estanda pou detèmine pousantaj akò (pozitif, negatif, ak an jeneral) ak lòt paramèt konparezon pou kat analiz yo. Chak konparezon tès yo te fè ak CRS, nan etid sa a CRS te etabli pa règ la "nenpòt ki pozitif" ak rezilta a te detèmine, pa yon tès sèl, nou te itilize omwen de rezilta tès matche. Anplis de sa, nan ka transmisyon COVID-19, rezilta fo negatif yo pi danjere pase rezilta fo pozitif. Se poutèt sa, pou di "pozitif" avèk presizyon posib nan yon rezilta CRS, omwen de tès tès yo dwe pozitif, sa vle di ke omwen yon rezilta pozitif gen anpil chans soti nan yon tès EUA. Kidonk, sou kat rezilta tès yo, de oswa plis rezilta tès ki bay menm rezilta a konsidere kòm vre pozitif oswa negatif18,27.
Done yo te kolekte lè l sèvi avèk fòm ekstraksyon done estriktire, yo te fè antre done ak analiz lè l sèvi avèk lojisyèl estatistik Excel ak SPSS vèsyon 23.0 pou estatistik deskriptif. Yo te analize akò pozitif, negatif ak pousantaj jeneral, epi yo te itilize yon nòt Kappa pou detèmine degre akò chak metòd ak CRS. Valè Kappa yo entèprete jan sa a: 0.01 a 0.20 pou akò modere, 0.21 a 0.40 pou akò jeneral, 0.41-0.60 pou akò modere, 0.61-0.80 pou gwo akò ak 0.81-0.99 pou akò konplè28.
Yo te jwenn otorizasyon etik nan University of Addis Ababa ak tout pwotokòl eksperimantal pou etid sa a te apwouve pa Komisyon Etik Syantifik Etik Etyopyen Enstiti Sante Piblik la. Nimewo referans pou Lisans Etik EPHI a se EPHI/IRB-279-2020. Tout metòd yo te aplike an akò ak rekòmandasyon ak dispozisyon Gid Konpreyansyon Nasyonal Etyopyen pou Tretman COVID-19. Anplis de sa, yo te jwenn konsantman ekri nan men tout patisipan etid yo anvan yo patisipe nan etid la.
Tout done yo jwenn oswa analize nan etid sa a yo enkli nan atik sa a pibliye. Done ki sipòte rezilta etid sa a disponib nan men otè respektif la sou demann rezonab.
Òganizasyon mondyal pou lasante. Rekòmandasyon pou Estrateji Tès Laboratwa pou COVID-19: Gid Pwovizwa, 21 Mas 2020 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 dyagnostik entelijan nan Depatman Ijans: Tout-an an pratik. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 dyagnostik entelijan nan Depatman Ijans: Tout-an an pratik.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ak Gurgulianis, KI Entelijan dyagnostik COVID-19 nan depatman ijans: tout bagay an pratik.Muliou DS, Pantazopoulos I. ak Gurgulyanis KI Entelijan dyagnostik COVID-19 nan depatman ijans: entegrasyon bout-a-fen nan pratik. Ekspè Reveran Respire. remèd. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL ak St. George, K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL ak St. George K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA. J. Klinik. Viris. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Laboratwa deteksyon maladi coronavirus 2019 (COVID-19) nan maladi moun sispèk. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (aksede 15 out 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Dyagnostik COVID-19: Maladi ak Zouti Tès. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Kreyasyon Kolèj Patolojis nan Lès, Santral ak Sid Afrik - Lekòl Rejyonal Patoloji nan Mwayen Oryan ak Lafrik di sid. Lafrik. J. Laboratwa. remèd. 9(1), 1-8 (2020).
Etyopyen Enstiti Sante Piblik, Ministè Federal Sante. Estrateji Nasyonal Pwovizwa ak Gid pou dyagnostik laboratwa COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (aksede 12 out 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Fo tès negatif pou defi enfeksyon SARS-CoV-2 ak enplikasyon. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Fo tès negatif pou defi enfeksyon SARS-CoV-2 ak enplikasyon.Voloshin S., Patel N. ak Kesselheim AS Tès fo negatif pou enfeksyon SARS-CoV-2 ak konsekans yo.Voloshin S., Patel N. ak Kesselheim AS Tès fo negatif pou pwovokasyon ak enpak enfeksyon SARS-CoV-2. N. eng. J. Medsin. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ka COVID-19 fo pozitif ak fo negatif: Estrateji prevansyon ak jesyon respiratwa, vaksinasyon, ak plis pèspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ka COVID-19 fo pozitif ak fo negatif: Estrateji prevansyon ak jesyon respiratwa, vaksinasyon, ak plis pèspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная птрофия птрофика лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Fo pozitif ak fo negatif ka COVID-19: prevansyon respiratwa ak estrateji tretman, vaksinasyon ak fason pou pi devan.Muliu, DS ak Gurgulianis, KI Ka fo pozitif ak fo negatif nan COVID-19: estrateji pou prevansyon ak tretman respiratwa, vaksinasyon ak fason pou pi devan. Ekspè Reveran Respire. remèd. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Dyagnostik COVID-19 nan depatman ijans: Wè pye bwa a men pèdi forè a. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Dyagnostik COVID-19 nan depatman ijans: Wè pye bwa a men pèdi forè a.Mouliou, DS, Ioannis, P. ak Konstantinos, G. Dyagnostik COVID-19 nan Depatman Ijans: Gade pye bwa a, pèdi forè a.Muliou DS, Ioannis P., ak Konstantinos G. Dyagnostik COVID-19 nan Sal Ijans: Pa Ase Forest pou Pye bwa yo. Parèt. remèd. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validasyon ak Validasyon pèfòmans analitik ak klinik Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Klinik. Viris. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparezon senk seri primè ki soti nan diferan rejyon genòm COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viris pa RT-PCR konvansyonèl yo. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparezon senk seri primè ki soti nan diferan rejyon genòm nan COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viris pa RT-PCR konvansyonèl yo.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ak Aflatunyan, B. Konparezon senk seri primè ki soti nan diferan rejyon nan genòm COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viral pa RT-PCR konvansyonèl yo. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparezon 5 diferan rejyon jenetik COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viral pa RT-PCR konvansyonèl yo.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ak Aflatunyan B. Konparezon senk seri primè ki soti nan diferan rejyon nan genòm COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viral pa RT-PCR konvansyonèl yo.Iran. J. Mikwobyoloji. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Rezilta preliminè pwogram nasyonal evalyasyon kalite ekstèn pou deteksyon sekans genomic SARS-CoV-2. J. Klinik. Viris. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evalyasyon Analitik Efikasite Senk Twous RT-PCR pou Sendwòm Respiratwa Aigu Grav Coronavirus 2. J. Klinik. laboratwa. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evalyasyon sèt twous deteksyon SARS-CoV-2 RNA ki disponib nan komès nan Lachin ki baze sou reyaksyon chèn polymerase an tan reyèl (PCR). klinik. Chimik. laboratwa. remèd. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Konparezon sèt twous dyagnostik RT-PCR COVID-19 komèsyal yo. J. Klinik. Viris. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Konparezon pèfòmans dyagnostik de twous PCR pou deteksyon asid nikleyik SARS-CoV-2. J. Klinik. laboratwa. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, elatriye. Yon etid konparatif sou kat platfòm tès anplifikasyon asid nikleyik (NAAT) SARS-CoV-2 te montre ke pèfòmans ID NOW te siyifikativman degrade selon pasyan ak kalite echantiyon. dyagnostik. mikrobyoloji. Enfekte. dis. 99(1), 115200 (2021).
Molekil Abbott. Abbott pakè analiz SARS-CoV-2 an tan reyèl. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Apati 10 out 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolasyon RNA SARS-CoV-2 lè l sèvi avèk pèl mayetik pou deteksyon rapid gwo echèl pa RT-qPCR ak RT-LAMP. Viris 12(8), 863 (2020).