Pèfòmans kat tès anplifikasyon asid nikleyik pou idantifye SARS-CoV-2 nan peyi Etyopi

Mèsi paske ou te vizite Nature.com. W ap itilize yon vèsyon navigatè ki gen sipò CSS limite. Pou pi bon eksperyans lan, nou rekòmande pou ou itilize yon navigatè ki ajou (oswa dezaktive Mòd Konpatibilite nan Internet Explorer). Anplis de sa, pou asire sipò kontinyèl, nou montre sit la san estil ak JavaScript.
Montre yon karousel twa diapozitiv alafwa. Sèvi ak bouton Presedan ak Pwochen yo pou deplase nan twa diapozitiv alafwa, oubyen sèvi ak bouton kurseur yo nan fen an pou deplase nan twa diapozitiv alafwa.
Depi epidemi maladi kowonaviris (COVID-19) an 2019, yo devlope anpil tès anplifikasyon asid nikleyik komèsyal (NAAT) atravè lemond epi yo vin tounen tès estanda. Malgre ke yo te devlope plizyè tès byen vit epi aplike nan tès dyagnostik laboratwa, yo pa ko evalye pèfòmans tès sa yo nan divès anviwònman. Se poutèt sa, etid sa a te gen pou objaktif pou evalye pèfòmans tès Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, ak Sansure Biotech yo lè l sèvi avèk Estanda Referans Konpoze (CRS) la. Etid la te fèt nan Enstiti Sante Piblik Etyopyen an (EPHI) soti 1ye rive 30 desanm 2020. Yo te ekstrè 164 echantiyon nazofarenks lè l sèvi avèk twous mini QIAamp RNA a ak sistèm preparasyon echantiyon ADN Abbott la. Sou 164 echantiyon yo, 59.1% te pozitif epi 40.9% te negatif pou CRS. Pozitivite Sansure Biotech la te siyifikativman ba konpare ak CRS la (p < 0.05). Pozitivite Sansure Biotech la te siyifikativman ba konpare ak CRS la (p < 0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Rezilta pozitif Sansure Biotech yo te siyifikativman pi ba konpare ak CRS (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech te gen siyifikativman mwens rezilta pozitif konpare ak CRS (p < 0.05).Akò jeneral kat analiz yo te 96.3–100% konpare ak CRS. Anplis de ti pousantaj pozitivite tès Sansure Biotech la, pèfòmans kat tès yo te prèske konparab. Kidonk, tès Sansure Biotech [Rechèch Sèlman (RUO)] la bezwen plis validasyon pou itilizasyon li nan peyi Etyopi. Finalman, yo ta dwe konsidere plis rechèch pou evalye tès ki gen deklarasyon manifakti ki apwopriye yo.
Tès laboratwa fè pati Plan Estratejik Òganizasyon Mondyal Lasante (OMS) pou Preparasyon ak Repons pou Maladi Kowonaviris 2019 (COVID-19) (SPRP). OMS konseye ke peyi yo bezwen bati kapasite laboratwa pou amelyore preparasyon, bon jesyon ka, vijilans ak repons rapid a defi sante piblik yo. Sa sijere ke wòl laboratwa a esansyèl pou karakterize maladi a ak epidemyoloji ajan enfeksyon émergentes yo epi kontwole pwopagasyon yo.
Dyagnostik COVID-19 la mande enfòmasyon epidemyolojik ak medikal, sentòm/siy pèsonèl, ak done radyografik ak laboratwa2. Depi yo te rapòte epidemi COVID-19 la nan Wuhan, Lachin, yo te devlope anpil tès anplifikasyon asid nikleyik komèsyal (NAAT) atravè lemond. Yo te itilize reyaksyon chèn polimeraz transkripsyon envès an tan reyèl (rRT-PCR) kòm yon metòd woutin ak estanda pou dyagnostik laboratwa enfeksyon sendwòm respiratwa egi grav 2 (SARS-CoV-2)3. Deteksyon molekilè SARS-CoV-2 a tipikman baze sou jèn N (jèn pwoteyin nikleokapsid), E (jèn pwoteyin anvlòp), ak RdRp (jèn polimeraz ARN depandan ARN) nan rejyon ORF1a/b (jèn lekti ouvè 1a/b) idantifye nan jenòm viral la. Yo konsidere kòm prensipal rejyon konsève yo jwenn nan jenòm viral pou rekonesans viris4. Pami jèn sa yo, jèn RdRp ak E yo gen yon sansiblite deteksyon analiz ki wo, alòske jèn N lan gen yon sansiblite analiz ki ba5.
Pèfòmans tès PCR yo ka varye selon plizyè faktè tankou: reyaktif ekstraksyon, reyaktif anplifikasyon/deteksyon, metòd ekstraksyon, kalite machin PCR a ak lòt enstriman. Depi avril 2020, plis pase 48 aparèy dyagnostik diferan ki soti nan nèf peyi te resevwa Otorizasyon pou Itilizasyon Ijans (EUA) pou dyagnostik COVID-196. Nan peyi Etyopi, yo itilize plis pase 14 platfòm PCR an tan reyèl pou deteksyon PCR SARS-CoV-2 nan 26 enstitisyon sante piblik, tankou ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ak Quant-studio7. Anplis de sa, gen plizyè twous tès PCR ki disponib, tankou tès Daan Gene, tès Abbott SARS-CoV-2, tès Sansure Biotech, ak tès SARS-CoV-2 BGI. Malgre ke rRT-PCR trè sansib, gen kèk pasyan ki gen COVID-19 ki rapòte rezilta fo negatif akòz kopi ensifizan asid ribonikleyik (ARN) viral nan echantiyon yo akòz move koleksyon, transpò, depo ak manipilasyon, ak tès laboratwa. kondisyon ak aksyon pèsonèl yo8. Anplis de sa, move manipilasyon echantiyon oswa kontwòl, fiksasyon papòt sik (Ct), ak kwa-reyaktivite ak lòt asid nikleyik patojèn oswa ARN SARS-CoV-2 inaktif/rezidyèl ka mennen nan rezilta fo pozitif nan tès rRT-PCR9 yo. Kidonk, li klè ke tès PCR yo ka tout bon idantifye transpòtè fragman jèn, paske yo pa menm ka distenge ant jèn viral ki vrèman aktif, kidonk tès yo ka sèlman idantifye transpòtè yo epi yo pa pasyan yo10. Se poutèt sa, li enpòtan pou evalye pèfòmans dyagnostik la lè l sèvi avèk metòd estanda nan anviwònman nou an. Malgre ke anpil reyaktif NAAT disponib nan Enstiti Sante Piblik Etyopyen an (EPHI) ak nan tout peyi a, pa gen okenn evalyasyon konparatif sou efikasite yo ki poko rapòte. Se poutèt sa, etid sa a te vize evalye pèfòmans konparatif twous ki disponib nan komès pou deteksyon SARS-CoV-2 pa rRT-PCR lè l sèvi avèk echantiyon klinik yo.
Yo te enkli yon total 164 patisipan ki te gen sispèk COVID-19 nan etid sa a. Majorite echantiyon yo te soti nan sant tretman (118/164 = 72%), alòske 46 patisipan ki rete yo (28%) te soti nan sant ki pa t resevwa tretman. Pami patisipan ki pa t resevwa tretman nan sant la, 15 (9.1%) te gen ka sispèk klinikman e 31 (18.9%) te gen kontak ak ka konfime. Katreven twa (56.7%) patisipan yo te gason, e laj mwayèn (± SD) patisipan yo te 31.10 (± 11.82) ane.
Nan etid sa a, yo te detèmine pousantaj pozitif ak negatif kat tès pou COVID-19. Kidonk, pousantaj pozitif tès Abbott SARS-CoV-2 a, tès Daan Gene 2019-nCoV a, tès SARS-CoV-2 BGI a, ak tès Sansure Biotech 2019-nCoV a te 59.1%, 58.5%, 57.9% ak 55.5% respektivman. Nòt estanda referans konpoze (CRS) pozitif ak negatif yo te 97 (59.1%) ak 67 (40.9%), respektivman (Tablo 1). Nan etid sa a, definisyon CRS la te baze sou règ "nenpòt pozitif" la, kote sou kat rezilta tès yo, de oswa plis rezilta tès ki te bay menm rezilta a te konsidere kòm vre pozitif oswa negatif.
Nan etid sa a, nou te jwenn yon pousantaj akò negatif (NPA) 100% (95% CI 94.6–100) pou tout analiz yo konpare ak CRS. Analiz Sansure Biotechnology la te montre yon PPA minimòm 93.8% (95% CI 87.2-97.1) epi analiz Daan Gene 2019-nCoV la te gen yon akò jeneral 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Okontrè, akò jeneral ant tès SARS-CoV-2 BGI a ak tès Sansure Biotech 2019-nCoV la te 98.8% ak 96.3% respektivman (Tablo 2).
Koyefisyan kappa Cohen ant rezilta tès CRS ak Abbott SARS-CoV-2 yo te totalman konsistan (K = 1.00). Menm jan an tou, valè kappa Cohen yo detekte pa Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, ak Sansure Biotech 2019-nCoV yo totalman konsistan tou ak CRS (K ≥ 0.925). Nan analiz konparatif sa a, tès chi-kare a (tès McNemar) te montre ke rezilta tès Sansure Biotech 2019-nCoV yo te siyifikativman diferan de rezilta CRS yo (p = 0.031) (Tablo 2).
Jan yo montre nan Fig.Pousantaj valè Ct ki pi ba a (< 20 Ct) nan tès Abbott SARS-CoV-2 a (jèn RdRp ak N konbine) te 87.6% epi valè Ct jèn ORF1a/b nan tès Sansure Biotech 2019-nCoV a te montre ke pousantaj valè Ct ki ba a (< 20 Ct) te 50.3% epi valè Ct ki wo a (36–40 Ct) te 3.2%. Pousantaj valè Ct ki pi ba a (< 20 Ct) nan tès Abbott SARS-CoV-2 a (jèn RdRp ak N konbine) te 87.6% epi valè Ct jèn ORF1a/b nan tès Sansure Biotech 2019-nCoV a te montre ke pousantaj valè Ct ki ba a (< 20 Ct) te 50.3% epi valè Ct ki wo a (36–40 Ct) te 3.2%.Jan yo montre nan Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N, 6си 8 тав, 6сл8 и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20, лста) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, pousantaj moun ki gen valè Ct ki pi ba a (< 20 Ct) nan analiz Abbott SARS-CoV-2 (jèn konbine RdRp ak N) te 87.6%, epi valè Ct nan analiz jèn ORF1a/b nan Sansure Biotech 2019-nCoV te montre ke pousantaj moun ki gen valè Ct ki ba (< 20 Ct) te reprezante 50.3%, epi Ct ki gen valè ki wo (36–40 Ct) te reprezante 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20%，San 876%，Bio） 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)–40 Ct (36)–40.的百分比为3.2%。 Jan Figi 1 an montre, pousantaj valè Ct ki pi ba a (< 20 Ct) nan tès Abbott SARS-CoV-2 a (konbinezon jèn RdRp ak N) se 87.6%, valè Ct jèn ORF1a/b nan tès Sansure Biotech 2019-nCoV la montre yon pousantaj Ct ki ba (< 20 Ct) ki se 50.3%, pousantaj Ct (36–40 Ct) ki se 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое низкое ннтроеций гены RdRp и N Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV поканиз клат. Jan yo montre nan Figi 1 an, tès Abbott SARS-CoV-2 la (ki konbine jèn RdRp ak N yo) te gen pi ba pousantaj valè Ct a (< 20 Ct) a 87.6%, alòske valè Ct jèn ORF1a/b la nan etid Sansure Biotech 2019 la – Analiz nCoV la te montre yon Ct ki ba. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 2,2%. Pousantaj valè yo (< 20 Ct) te 50.3%, epi pousantaj valè Ct ki wo yo (36–40 Ct) te 3.2%.Tès Abbott SARS-CoV-2 B la te anrejistre valè Ct ki pi wo pase 30. Yon lòt bò, nan tès BGI SARS-CoV-2 a, jèn ORF1a/b a te gen yon valè Ct ki wo (> 36 Ct) pousantaj la te 4% (Fig. 1). Yon lòt bò, nan tès BGI SARS-CoV-2 a, jèn ORF1a/b a te gen yon valè Ct ki wo (> 36 Ct) pousantaj la te 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент ков 4% (рис. 1). Yon lòt bò, nan analiz BGI a, jèn SARS-CoV-2 ORF1a/b te gen yon valè Ct ki wo (> 36 Ct), pousantaj la te 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一4% Yon lòt bò, nan deteksyon BGI SARS-CoV-2 a, pousantaj jèn ORF1a/b ki gen yon valè Ct ki wo (>36 Ct) se 4% (Figi 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) сос. Yon lòt bò, nan analiz BGI SARS-CoV-2 a, pousantaj jèn ORF1a/b ki gen valè Ct ki wo (>36 Ct) te 4% (Fig. 1).
Nan etid sa a, nou te pran 164 echantiyon nazofarenjyen. Pou tout kalite tès yo, izolasyon ak anplifikasyon ARN te fèt lè l sèvi avèk metòd ak twous rekòmande pa manifaktirè respektif yo.
Etid sa a demontre ke tès Abbott pou SARS-CoV-2 a gen menm pèfòmans deteksyon ak CRS, ak 100% konkòdans pozitif, negatif, ak jeneral. Akò kappa Cohen an se 1.00, ki endike yon akò total ak CRS. Yon etid menm jan an pa Inivèsite Washington nan peyi Etazini an te jwenn ke sansiblite ak espesifikite jeneral tès Abbott la pou SARS-CoV-2 a te 93% ak 100%, respektivman, konpare ak tès detèmine nan laboratwa (LDA) CDC a. 11. Sistèm deteksyon Abbott SARS-CoV-2 a baze sou deteksyon konbine similtane jèn N ak RdRp yo, paske tou de jèn yo pi sansib, sa ki minimize fo negatif yo12. Yon etid nan Vyèn, Otrich te montre tou ke gwo volim echantiyon ekstraksyon ak volim elyan deteksyon yo minimize efè dilisyon yo epi ogmante efikasite deteksyon an13. Kidonk, solisyon pafè Abbott pou tès SARS-CoV-2 a ka asosye avèk yon sistèm deteksyon platfòm ki detekte jèn konbinatwa an menm tan, ekstrè yon gwo kantite echantiyon (0.5 ml), epi itilize yon gwo kantite elyan (40 µl).
Rezilta nou yo te montre tou ke pèfòmans deteksyon tès jenetik Daan an te prèske menm jan ak sa CRS la. Sa konsistan avèk yon etid14 ki te fèt nan Inivèsite Anhui nan Huainan, Lachin, ak deklarasyon manifakti a ki di ke gen yon akò pozitif 100%. Malgre rapò ki montre rezilta konsistan, yon echantiyon te bay yon fo negatif apre yo te fin teste menm elya a ankò, men li te pozitif nan tès Abbott SARS-CoV-2 ak Sansure Biotech nCoV-2019 yo. Sa sijere ke ka gen varyabilite nan rezilta yo atravè diferan kalite tès yo. Sepandan, nan etid ki te fèt an Lachin15, rezilta tès Daan Gene lan te siyifikativman diferan (p < 0.05) konpare ak tès referans yo te defini nan laboratwa a. Sepandan, nan etid ki te fèt an Lachin15, rezilta tès Daan Gene lan te siyifikativman diferan (p < 0.05) konpare ak tès referans yo te defini nan laboratwa a. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значитенном (5) (5) их лабораторного эталонного анализа. Sepandan, nan yon etid nan Lachin15, rezilta analiz Daan Gene a te siyifikativman diferan (p < 0.05) de analiz referans laboratwa yo a.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p <0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значните поль 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Sepandan, nan yon etid nan Lachin15, rezilta tès jenetik Daan an te siyifikativman diferan (p < 0.05) konpare ak tès laboratwa referans li a.Divèjans sa a ka akòz sansiblite tès referans lan pou detekte SARS-CoV-2, epi plis etid ka enpòtan pou detèmine kòz la.
Anplis de sa, etid nou an te evalye pèfòmans konparatif tès SARS-CoV-2 BGI a ak CRS, ki montre yon ekselan pousantaj akò pozitif (PPA = 97.9%), pousantaj akò negatif (NPA = 100%), ak pousantaj akò jeneral pa sèks (OPA). = 98.8%). Valè Kappa Cohen yo te montre yon bon akò (K = 0.975). Etid nan Peyi Ba yo16 ak Lachin15 te montre rezilta konsistan. Tès SARS-CoV-2 BGI a se yon tès deteksyon yon sèl jèn (ORF1a/b) ki itilize 10 µl anplifikasyon/deteksyon eluat. Malgre bon akò estatistik ak rezilta referans nou yo, analiz la te rate de echantiyon pozitif (1.22%) nan echantiyon total la. Sa ka gen gwo enplikasyon klinik pou dinamik transmisyon an tou de nan nivo pasyan an ak nan nivo kominote a.
Yon lòt analiz konparatif ki te enkli nan etid sa a se te tès Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) la; pousantaj koresponn jeneral la te 96.3%. Fòs akò a te detèmine tou pa valè Kappa Cohen an, ki te 0.925, ki endike yon akò total ak CRS la. Yon fwa ankò, rezilta nou yo idantik ak etid ki te fèt nan Inivèsite Sid Santral nan Changsha, Lachin, ak nan Depatman Laboratwa Klinik Lopital Pèp Liuzhou, Vil Liuzhou, Lachin17. Menm lè yo te anrejistre bon konkòdans estatistik ki anwo a, tès chi-kare a (tès MacNemar) te montre ke rezilta tès Sansure Biotech la te gen yon diferans estatistikman siyifikatif konpare ak CRS (p < 0.005). Menm lè yo te anrejistre bon konkòdans estatistik ki anwo a, tès chi-kare a (tès MacNemar) te montre ke rezilta tès Sansure Biotech la te gen yon diferans estatistikman siyifikatif konpare ak CRS (p < 0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано указанное выше хорошее статистическое сототировано хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически злесч зальтат по сравнению с CRS (p <0,005). Malgre ke yo te anrejistre bon akò estatistik ki anwo a, tès chi-kare a (tès McNemar) te montre ke rezilta tès Sansure Biotech la te gen yon diferans estatistikman siyifikatif konpare ak CRS la (p < 0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 最验检玞朚方检验（相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， biotech 检 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。＼。。）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратрат (критерат)) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech ak CRS. Malgre bon akò estatistik ki mansyone pi wo a, tès chi-kare a (tès McNemar) te montre yon diferans estatistikman siyifikatif (p < 0.005) ant tès Sansure Biotech la ak CRS la.Sis echantiyon (3.66%) te jwenn kòm fo negatif konpare ak CRS (Tablo Siplemantè 1); sa a trè enpòtan, sitou lè nou konsidere dinamik transmisyon viris la. Done ki anwo yo sipòte tou to deteksyon ki ba sa a15.
Nan etid sa a, yo te detèmine valè Ct pou chak tès ak platfòm respektif yo, ak valè Ct mwayèn ki pi ba a rapòte nan tès Abbott SARS-CoV-2 la. Rezilta sa a ka gen rapò ak sistèm tès jenetik konbine similtane Abbott la pou deteksyon SARS-CoV-2. Se poutèt sa, dapre Figi 1, 87.6% nan rezilta Abbott SARS-CoV-2 yo te gen valè Ct anba 20. Se sèlman yon ti kantite rezilta echantiyon (12.4%) ki te nan seri 20-30 la. Yo pa t anrejistre valè Ct ki pi wo pase 30. Anplis itilizasyon Abbott nan fòma tès jenetik panèl SARS-CoV-2 la, rezilta sa a ka gen rapò ak limit deteksyon ki pi ba a (32.5 kopi ARN/mL)18, ki twa fwa pi ba pase limit ki pi ba konpayi an ki se 100 kopi ARN/mL.ml)19.
Etid sa a gen kèk limitasyon: premyèman, nou pa gen metòd estanda/referans [tankou chaj viral oswa lòt tès laboratwa (LDA)] akòz mank resous. Dezyèmman, tout echantiyon yo te itilize nan etid sa a se te prelèvman nazofarenks, alòske rezilta yo pa t aplikab pou lòt kalite echantiyon, epi twazyèmman, gwosè echantiyon nou an te piti.
Etid sa a te konpare pèfòmans kat tès rRT-PCR pou SARS-CoV-2 lè l sèvi avèk echantiyon nazofarenjyen. Tout tès deteksyon yo te gen pèfòmans prèske konparab, eksepte tès Sansure Biotech la. Anplis, yo te idantifye yon pousantaj pozitivite ki ba nan tès Sansure Biotech la konpare ak CRS la (p < 0.05). Anplis, yo te idantifye yon pousantaj pozitivite ki ba nan tès Sansure Biotech la konpare ak CRS la (p < 0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нсни 5 (CRS 0,5). Anplis de sa, tès Sansure Biotech la te montre yon pousantaj rezilta pozitif ki ba konpare ak CRS (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по срав не,5 (CRS,5). Anplis de sa, tès Sansure Biotech la te gen yon pousantaj pozitivite ki pi ba konpare ak CRS (p < 0.05).Analiz Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) a sou PPA, NPA ak akò jeneral la te depase 93.5% ak yon valè akò Cohen Kappa de 0.925. Finalman, Tès Sansure Biotech (RUO) a bezwen plis validasyon pou itilizasyon nan peyi Etyopi, epi yo ta dwe konsidere plis rechèch pou evalye reklamasyon ki soti nan men manifaktirè endividyèl yo.
Yo te fè yon etid konparatif nan kat etablisman sante nan Addis Abeba: Lopital Eka Kotebe, Sant Tretman Legliz Millennium, Lopital Memoryal Zewooditu, ak Lopital Espesyalis Tibèkiloz St. Peter. Yo te kolekte done yo ant 1ye ak 31 desanm 2020. Yo te chwazi etablisman medikal yo pou etid sa a ak anpil atansyon, baze sou gwo kantite ka yo genyen ak disponiblite gwo sant tretman nan vil la. Menm jan an tou, yo te chwazi enstriman yo, tankou enstriman PCR an tan reyèl ABI 7500 ak Abbott m2000 yo, dapre rekòmandasyon manifaktirè reyaktif NAAT yo, epi yo te chwazi kat twous deteksyon PCR pou etid sa a, paske pifò laboratwa nan Etyopi te itilize omwen kat ladan yo. Tès jèn, tès Abbott SARS-CoV-2, tès Sansure Biotech, ak tès SARS-CoV-2 BGI ki te fèt pandan etid la).
Yo te fè tès pou SARS-CoV-2 soti 1ye pou rive 30 desanm 2020 lè l sèvi avèk 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Lachin) nan men moun ki te anba ankèt pou COVID-19 epi ki te refere bay EPHI. Moun ki te resevwa fòmasyon pou kolekte echantiyon yo te kolekte echantiyon nan nen ak nan nen epi yo te voye yo bay EPHI nan twa pake. Anvan yo te izolasyon asid nikleyik la, yo te bay chak echantiyon yon nimewo idantifikasyon inik. Yo te fè ekstraksyon nan chak echantiyon imedyatman lè yo rive, lè yo te itilize metòd ekstraksyon manyèl ak otomatik. Kidonk, pou ekstraksyon otomatik Abbott m2000 la, yo te retire 1.3 ml (ki gen ladan 0.8 ml volim mò ak 0.5 ml volim antre ekstraksyon an) nan echantiyon an nan chak echantiyon epi yo te pase l nan Sistèm Preparasyon Echantiyon ADN Abbott la (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Etazini). ) Yon pakèt 96 [92 echantiyon, de kontwòl deteksyon ak de kontwòl ki pa modèl (NTC)] te enkli nan pwosesis jeneral la (rekiperasyon ak deteksyon) de seri SARS-CoV-2 (EUA) an tan reyèl. min. Menm jan an tou, pou ekstraksyon manyèl, sèvi ak menm echantiyon yo (pou ekstraksyon otomatik ak dekouvèt). Kidonk, pandan tout pwosesis la, 140 µl echantiyon yo te divize an alikòt epi yo te ekstrè yo lè l sèvi avèk QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Almay) nan pakèt 24 (ki gen ladan 20 echantiyon, de kontwòl tès ak de NTC) sou nèf seri. Elu yo te ekstrè manyèlman yo te anplifye epi detekte lè l sèvi avèk yon siklè tèmik ABI 7500 lè l sèvi avèk tès SARS-CoV-2 BGI, tès Daan Gene, ak tès Sansure Biotech.
Izolasyon ak pirifikasyon otomatik ARN viral SARS-CoV-2 a swiv prensip pèl mayetik la lè l sèvi avèk reyaktif preparasyon echantiyon ADN Abbott yo. Inaktivasyon echantiyon yo ak solubilizasyon patikil viral yo fèt lè l sèvi avèk yon detèjan ki gen izotiyosyanat guanidin pou denatire pwoteyin nan epi inaktive RNaz la. Apre sa, ARN lan separe de pwoteyin nan pa separasyon faz solid lè l sèvi avèk silica, sa vle di sèl guanidinyòm nan ak pH alkalin nan tanpon liz la ankouraje lyezon asid nikleyik yo ak silica a (SiO2). Etap rense a retire pwoteyin ak debri ki rete yo pou pwodui yon solisyon klè. ARN transparan an izole nan mikwopartikil ki baze sou silica lè l sèvi avèk chan mayetik enstriman an20,21. Nan lòt men an, izolasyon ak pirifikasyon manyèl ARN lan fèt pa metòd kolòn vire a lè l sèvi avèk santrifijasyon olye de yon sipò mayetik ak separasyon mikwopartikil yo ak elyan an.
Yo te fè Tès Deteksyon SARS-CoV-2 an Tan Reyèl Abbott la (Abbott Molecular, Inc.) dapre enstriksyon manifakti a, ki te resevwa EUA19,22 nan men OMS ak FDA. Nan pwotokòl sa a, yo te fè inaktivasyon echantiyon an anvan ekstraksyon an nan yon beny dlo a 56 °C pandan 30 minit. Apre inaktivasyon viris la, yo te fè ekstraksyon asid nikleyik la sou yon enstriman Abbott m2000 SP apati 0.5 ml VTM lè l sèvi avèk yon sistèm preparasyon echantiyon ADN Abbott m2000, dapre manifakti a. Yo te fè anplifikasyon ak deteksyon an lè l sèvi avèk yon enstriman Abbott m2000 RT-PCR, epi yo te fè doub deteksyon pou jèn RdRp ak N yo. ROX) ak VIC P (koloran propriétaires) pou siblaj ak deteksyon kontwòl entèn yo, sa ki pèmèt deteksyon similtane tou de pwodwi anplifikasyon yo 19.
Metòd deteksyon anplifikasyon twous sa a baze sou teknoloji RT-PCR yon sèl etap. Daan Gene Technology te chwazi jèn ORF1a/b ak N yo kòm rejyon konsève pou detekte anplifikasyon rejyon sib la. Yo te fèt primè espesifik ak sond fliyoresan (sond jèn N ki make ak FAM, sond ORF1a/b ki make ak VIC) pou detekte ARN SARS-CoV-2 nan echantiyon yo. Yo te prepare eluan final la ak melanj prensipal la lè yo te ajoute 5 µl eluan nan 20 µl melanj prensipal la pou rive nan yon volim final 25 µl. Yo te fè anplifikasyon ak deteksyon an menm tan sou yon enstriman PCR an tan reyèl ABI 750024.
Yo te detekte jèn ORF1a/b ak N yo lè l sèvi avèk Twous Dyagnostik Asid Nikleyè Sansure Biotech nCoV-2019 la (deteksyon PCR fliyoresan). Prepare sond espesifik pou chak jèn sib lè w chwazi kanal FAM pou rejyon ORF1a/b la ak kanal ROX la pou jèn N lan. Nan twous tès sa a, yo ajoute elyan an ak reyaktif melanj prensipal la jan sa a: prepare 30 µl reyaktif melanj prensipal la ak 20 µl echantiyon elye pou deteksyon/anplifikasyon. Yo te itilize PCR an tan reyèl ABI 750025 pou anplifikasyon/deteksyon.
Tès SARS-CoV-2 BGI a se yon twous rRT-PCR an tan reyèl fliyoresan pou dyagnostik COVID-19. Rejyon sib la sitiye nan rejyon ORF1a/b nan jenòm SARS-CoV-2 a, ki se yon metòd deteksyon yon sèl jèn. Anplis de sa, jèn β-aktin imen an se yon jèn sib ki reglemante entènman. Melanj prensipal la prepare lè yo melanje 20 µl nan reyaktif melanj prensipal la ak 10 µl nan echantiyon ARN ki te ekstrè a nan yon plak pi26. Yo te itilize yon enstriman PCR an tan reyèl kantitatif fliyoresan ABI 7500 pou anplifikasyon ak deteksyon. Tout anplifikasyon asid nikleyik, kondisyon kouri PCR pou chak tès, ak entèpretasyon rezilta yo te fèt dapre enstriksyon manifakti respektif la (Tablo 3).
Nan analiz konparatif sa a, nou pa t itilize metòd estanda referans lan pou detèmine pousantaj akò (pozitif, negatif, ak an jeneral) ak lòt paramèt konparezon pou kat analiz yo. Chak konparezon tès te fèt ak CRS, nan etid sa a CRS la te fikse pa règ "nenpòt pozitif" epi rezilta a te detèmine, pa pa yon sèl tès, nou te itilize omwen de rezilta tès ki koresponn. Anplis de sa, nan ka transmisyon COVID-19, rezilta fo negatif yo pi danjere pase rezilta fo pozitif. Se poutèt sa, pou di "pozitif" avèk presizyon ke posib nan yon rezilta CRS, omwen de tès tès dwe pozitif, sa vle di ke omwen yon rezilta pozitif gen anpil chans pou soti nan yon tès EUA. Kidonk, sou kat rezilta tès, de oswa plis rezilta tès ki bay menm rezilta a yo konsidere kòm vre pozitif oswa negatif18,27.
Yo te kolekte done yo lè l sèvi avèk fòm ekstraksyon done estriktire, antre ak analiz done yo te fèt lè l sèvi avèk lojisyèl estatistik Excel ak SPSS vèsyon 23.0 pou estatistik deskriptif yo. Yo te analize akò pozitif, negatif, ak pousantaj akò jeneral, epi yo te itilize yon nòt Kappa pou detèmine degre akò chak metòd ak CRS. Yo entèprete valè Kappa yo jan sa a: 0.01 a 0.20 pou akò lejè, 0.21 a 0.40 pou akò jeneral, 0.41-0.60 pou akò modere, 0.61-0.80 pou akò majè ak 0.81-0.99 pou akò konplè28.
Yo te jwenn otorizasyon etik nan men Inivèsite Addis Abeba epi tout pwotokòl eksperimantal pou etid sa a te apwouve pa Komisyon Revizyon Etik Syantifik Enstiti Sante Piblik Etyopyen an. Nimewo referans pou Lisans Etik EPHI a se EPHI/IRB-279-2020. Yo te aplike tout metòd yo an akò ak rekòmandasyon ak dispozisyon Gid Nasyonal Konplè Etyopyen pou Tretman COVID-19 la. Anplis de sa, yo te jwenn konsantman enfòme alekri nan men tout patisipan etid yo anvan patisipasyon nan etid la.
Tout done yo jwenn oswa analize nan etid sa a enkli nan atik pibliye sa a. Done ki sipòte rezilta etid sa a disponib nan men otè respektif la sou yon demann rezonab.
Òganizasyon Mondyal Lasante. Rekòmandasyon pou estrateji tès laboratwa pou COVID-19: Gid pwovizwa, 21 mas 2020 No. OMS/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (OMS, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Dyagnostik entelijan COVID-19 nan Depatman Ijans: Tout ladan l nan pratik. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Dyagnostik entelijan COVID-19 nan Depatman Ijans: Tout ladan l nan pratik.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ak Gurgulianis, KI Dyagnostik entelijan COVID-19 nan sèvis ijans lan: tout bagay an pratik.Muliou DS, Pantazopoulos I. ak Gurgulyanis KI Dyagnostik entelijan COVID-19 nan sèvis ijans: entegrasyon bout-a-bout nan pratik. Ekspè Reveran Respire. medikaman. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL ak St George, K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA a. Mitchell, SL ak St George, K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA a.Mitchell, SL ak St. George, K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA a.Mitchell SL ak St. George K. Evalyasyon tès COVID19 ID NOW EUA a. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Deteksyon laboratwa maladi kowonaviris 2019 (COVID-19) nan sispèk maladi imen. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (aksè 15 Out 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. et al. Dyagnostik COVID-19: Maladi ak Zouti Tès. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Kreyasyon Kolèj Patolojis Afrik de Lès, Santral ak Sid – Lekòl Rejyonal Patoloji Mwayen Oryan ak Afrik di Sid. Afrik. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Enstiti Sante Piblik Etyopyen an, Ministè Federal Sante a. Estrateji Nasyonal Pwovizwa ak Gid pou Dyagnostik Laboratwa COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (aksè 12 Out 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. ak Kesselheim, AS Tès fo negatif pou defi ak enplikasyon enfeksyon SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. ak Kesselheim, AS Tès fo negatif pou defi ak enplikasyon enfeksyon SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. ak Kesselheim AS Tès fo negatif pou enfeksyon SARS-CoV-2 ak konsekans yo.Voloshin S., Patel N. ak Kesselheim AS Tès fo negatif pou pwovokasyon ak enpak enfeksyon SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ka COVID-19 fo pozitif ak fo negatif: Estrateji prevansyon ak jesyon respiratwa, vaksinasyon, ak plis pèspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ka COVID-19 fo pozitif ak fo negatif: Estrateji prevansyon ak jesyon respiratwa, vaksinasyon, ak plis pèspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная птрофия птрофика лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ka fo pozitif ak fo negatif COVID-19: estrateji prevansyon ak tretman respiratwa, vaksinasyon ak chemen pou pi devan.Muliu, DS ak Gurgulianis, KI Ka fo pozitif ak fo negatif COVID-19: estrateji pou prevansyon ak tretman respiratwa, vaksinasyon ak chemen pou pi devan. Ekspè Reveran Respire. medikaman. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Dyagnostik COVID-19 nan sèvis ijans lan: Wè pyebwa a men pèdi forè a. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Dyagnostik COVID-19 nan sèvis ijans lan: Wè pyebwa a men pèdi forè a.Mouliou, DS, Ioannis, P. ak Konstantinos, G. Dyagnostik COVID-19 nan Depatman Ijans lan: Gade pyebwa a, pèdi forè a.Muliou DS, Ioannis P., ak Konstantinos G. Dyagnostik COVID-19 nan sal dijans: Pa gen ase forè pou pyebwa yo. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validasyon ak Validasyon Pèfòmans Analitik ak Klinik Tès Abbott RealTime SARS-CoV-2 la. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ak Aflatoonian, B. Konparezon senk seri primer ki soti nan diferan rejyon jenòm COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viris pa RT-PCR konvansyonèl. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ak Aflatoonian, B. Konparezon senk seri amorseur ki soti nan diferan rejyon jenòm COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viris pa RT-PCR konvansyonèl.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ak Aflatunyan, B. Konparezon senk seri amorseur ki soti nan diferan rejyon nan jenòm COVID-19 la pou deteksyon enfeksyon viral pa RT-PCR konvansyonèl. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ak Aflatoonian, B. Konparezon 5 rejyon jenetik diferan nan COVID-19 pou deteksyon enfeksyon viral pa RT-PCR konvansyonèl.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ak Aflatunyan B. Konparezon senk seri amorseur ki soti nan diferan rejyon nan jenòm COVID-19 la pou deteksyon enfeksyon viral pa RT-PCR konvansyonèl.Iran. J. Mikwobyoloji. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Rezilta preliminè pwogram evalyasyon kalite ekstèn nasyonal pou deteksyon sekans jenòm SARS-CoV-2 yo. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evalyasyon Analitik sou Efikasite Senk Twous RT-PCR pou Sendwòm Respiratwa Egi Grav Kowonaviris 2. J. Clinical. laboratorie. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evalyasyon sèt twous deteksyon ARN SARS-CoV-2 ki disponib nan komès nan peyi Lachin, ki baze sou reyaksyon chèn polimeraz (PCR) an tan reyèl. klinik. chimik. laboratwa. medikaman. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Konparezon sèt twous dyagnostik RT-PCR komèsyal pou COVID-19. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Konparezon pèfòmans dyagnostik de twous PCR pou deteksyon asid nikleyik SARS-CoV-2 yo. J. Clinical. laboratorie. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, elatriye. Yon etid konparatif sou kat platfòm tès anplifikasyon asid nikleyik SARS-CoV-2 (NAAT) te montre ke pèfòmans ID NOW te degrade anpil selon pasyan an ak kalite echantiyon an. dyagnostik. mikwobyoloji. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekil Abbott. Feyè ki nan pake analiz Abbott an tan reyèl SARS-CoV-2 la. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Apati 10 Out 2020) (2020).
Klein, S. et al. Izolasyon ARN SARS-CoV-2 lè l sèvi avèk pèl mayetik pou deteksyon rapid sou gwo echèl pa RT-qPCR ak RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).