Pèfòmans nan kat assay anplifikasyon asid nikleyik yo idantifye SARS-CoV-2 nan peyi Letiopi

Mèsi pou vizite Nature.com. Ou ap itilize yon vèsyon navigatè ak sipò CSS limite. Pou eksperyans ki pi bon, nou rekòmande pou ou itilize yon navigatè mete ajou (oswa enfim mòd konpatibilite nan Internet Explorer). Anplis de sa, asire sipò kontinyèl, nou montre sit la san yo pa Styles ak JavaScript.
Montre yon Carousel nan twa glisad nan yon fwa. Sèvi ak bouton sa yo anvan ak pwochen pou avanse pou pi nan twa glisad nan yon tan, oswa itilize bouton sa yo kurseur nan fen a pou avanse pou pi nan twa glisad nan yon tan.
Depi epidemi 2019 Coronavirus (COVID-19), anpil tès komèsyal asid nikleyè (NAATs) yo te devlope atravè mond lan epi yo te vin analiz estanda. Malgre ke plizyè tès yo te byen devlope ak aplike nan tès laboratwa dyagnostik, pèfòmans nan tès sa yo pa te evalye nan yon varyete de anviwònman. Se poutèt sa, etid sa a ki vize evalye pèfòmans nan Abbott SARS-COV-2 a, DAAN jèn, BGI, ak SANSURE BIOTECH assay lè l sèvi avèk estanda a referans konpoze (CRS). Etid la te fèt nan Etyopyen Enstiti Sante Piblik (EPHI) soti nan 1 a 30 Desanm 2020. 164 echantiyon nasofarinyen yo te extrait lè l sèvi avèk QIAAMP RNA Mini Twous la ak Abbott ADN echantiyon sistèm nan preparasyon. Nan 164 echantiyon, 59.1% yo te pozitif ak 40.9% yo te negatif pou CRS. Sansure biotech pozitivite te siyifikativman ba konpare ak CRS (P <0.05). Sansure biotech pozitivite te siyifikativman ba konpare ak CRS (P <0.05). Положительные результаты Sansure biotech ы el значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). Rezilta pozitif Sansure Biotech la te siyifikativman pi ba konpare ak CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。 Ou pa gen anpil biotech ы el значительно менше положительных рез espwa (p <0,05). Sansure Biotech te gen anpil mwens rezilta pozitif konpare ak CRS (P <0.05).Akò an jeneral nan kat analyses yo te 96.3-100% konpare ak CRS. Anplis de sa nan pousantaj la pozitivite ki ba nan tès la biotech Sansure, pèfòmans nan nan kat assay yo te prèske konparab. Kòm sa yo, Sansure Biotech la [Rechèch sèlman (RUO)] tès mande pou plis validasyon pou itilize li nan peyi Letiopi. Finalman, yo ta dwe konsidere plis rechèch pou evalye assay ak reklamasyon manifakti ki apwopriye a.
Tès laboratwa se yon pati nan Plan Estratejik Organizationganizasyon Mondyal la (WHO) pou Coronavirus Maladi 2019 (COVID-19) preparasyon ak repons (SPRP). Ki konseye ke peyi yo bezwen bati kapasite laboratwa pou amelyore preparasyon, jesyon ka apwopriye, vijilans ak repons rapid nan defi sante piblik. Sa a sijere ke wòl nan laboratwa a se kle nan karakterize maladi a ak epidemyoloji nan émergentes ajan enfektye ak kontwole gaye yo.
Dyagnostik la nan COVID-19 mande pou enfòmasyon epidemyoloji ak medikal, sentòm pèsonèl/siy, ak radyografi ak laboratwa done2. Depi yo te rapòte epidemi COVID-19 la nan Wuhan, Lachin, anpil komèsyal tès asid nwayo anplifikasyon (NAATs) yo te devlope atravè mond lan. An tan reyèl ranvèse transcription polymerase chèn reyaksyon (RRT-PCR) te itilize kòm yon woutin ak metòd estanda pou dyagnostik laboratwa nan grav sendwòm respiratwa egi 2 (SARS-CoV-2) 3 enfeksyon. Deteksyon molekilè nan SARS-COV-2 se tipikman ki baze sou N a (jèn nucleocapsID pwoteyin), E (anvlòp jèn pwoteyin), ak RDRP (RNA-depandan jèn polymerase) jèn nan ORF1A/B (louvri lekti ankadreman 1A/B). Gene) rejyon idantifye nan genomic viral la. Yo konsidere yo kòm rejyon prensipal yo konsève yo te jwenn nan jnom viral pou rekonesans viris4. Pami jèn sa yo, jèn yo RDRP ak E gen segondè sansiblite deteksyon analyse, pandan y ap jèn N a gen ba sansiblite analyse5.
Pèfòmans nan PCR assay ka varye depann sou divès faktè tankou: réactifs fè ekstraksyon, anplifikasyon/deteksyon reyaktif, metòd ekstraksyon, bon jan kalite nan machin nan PCR ak lòt enstriman mizik. Kòm nan mwa avril 2020, plis pase 48 aparèy dyagnostik diferan soti nan nèf peyi yo te resevwa otorizasyon pou sèvi ak ijans (EUA) pou COVID-196 diagnostics. Nan peyi Letiopi, plis pase 14 tribin PCR an tan reyèl yo te itilize pou deteksyon PCR nan SARS-CoV-2 nan 26 enstitisyon sante piblik, ki gen ladan ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 ak Quant-Studio7. Anplis de sa, divès kalite twous tès PCR yo disponib, tankou tès DAAN jèn, Abbott SARS-COV-2 tès, SANSURE tès biotech, ak SARS-COV-2 tès BGI. Malgre ke RRT-PCR se trè sansib, kèk pasyan ki gen COVID-19 rapòte fo rezilta negatif akòz kopi ensifizan nan asid ribonucleic viral (RNA) nan echantiyon akòz koleksyon move, transpò, depo ak manyen, ak tès laboratwa. kondisyon ak aksyon nan pèsonèl8. Anplis de sa, echantiyon oswa kontwòl mishandling, papòt sik (CT) anviwònman, ak kwa-reyaktivite ak lòt patojèn asid nikleyik oswa inaktif/rezidyèl SARS-COV-2 RNA ka mennen nan rezilta fo pozitif nan RRT-PCR9 assay. Se konsa, li klè ke tès PCR ka tout bon idantifye transpòtè nan fragman jèn, menm jan yo pa ka menm distenge ant vrèman aktif jèn viral, se konsa tès yo ka sèlman idantifye transpòtè epi yo pa pasyan10. Se poutèt sa, li enpòtan pou evalye pèfòmans dyagnostik lè l sèvi avèk metòd estanda nan anviwònman nou an. Malgre ke anpil reyaktif NAAT yo disponib nan Etyopyen Enstiti Sante Piblik (EPHI) ak nan tout peyi a, pa gen okenn evalyasyon konparatif nan efikasite yo ankò te rapòte. Se poutèt sa, etid sa a ki vize evalye pèfòmans nan konparatif nan twous komèsyal ki disponib pou deteksyon an nan SARS-CoV-2 pa RRT-PCR lè l sèvi avèk echantiyon klinik yo.
Yo te enkli yon total 164 patisipan ki gen sispèk COVID-19 nan etid sa a. Majorite a nan echantiyon yo te soti nan sant tretman (118/164 = 72%), pandan y ap rès 46 (28%) patisipan yo te soti nan sant ki pa tretman. Pami patisipan yo pa trete nan sant la, 15 (9.1%) te klinikman sispèk ka ak 31 (18.9%) te gen kontak nan ka konfime. Katreven-twa (56.7%) patisipan yo te gason, ak vle di (± SD) laj nan patisipan yo te 31.10 (± 11.82) ane.
Nan etid sa a, yo te detèmine pousantaj pozitif ak negatif nan kat tès pou COVID-19. Se konsa, pousantaj yo pozitif nan Abbott SARS-COV-2 tès la, DAAN Gene 2019-NCOV tès, SARS-COV-2 BGI épreuve, ak Sansure Biotech 2019-NCOV tès yo te 59.1%, 58.5%, 57.9% ak 55.5% respektivman. Pozitif ak negatif konpoze referans estanda a (CRS) nòt yo te 97 (59.1%) ak 67 (40.9%), respektivman (Tab 1). Nan etid sa a, yo te definisyon an CRS ki baze sou "nenpòt ki pozitif" règ la, kijan soti nan kat rezilta tès, de oswa plis rezilta tès ki te bay menm rezilta a yo te konsidere kòm vre pozitif oswa negatif.
Nan etid sa a, nou jwenn yon akò pousantaj negatif (NPA) nan 100% (95% CI 94.6-100) pou tout analyses konpare ak CRS. Analiz la biotechnologie Sansure te montre yon PPA minim nan 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ak DAAN jèn 2019-NCOV analiz la te gen yon akò jeneral nan 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Nan contrast, jeneral akò ant SARS-COV-2 BGI épreuve a ak Sansure Biotech 2019-NCOV épreuve a te 98.8% ak 96.3%, respektivman (Tab 2).
Koyefisyan kappa Cohen nan akò ant CRS ak Abbott SARS-COV-2 rezilta tès te konplètman ki konsistan (k = 1.00). Menm jan an, valè kappa Cohen a detekte avèk DAAN jèn 2019-NCOV, SARS-CoV-2 BGI, ak Sansure Biotech 2019-NCOV yo tou konplètman ki konsistan avèk CRS (K ≥ 0.925). Nan analiz sa a konparatif, tès la chi-kare (McNemar tès) te montre ke Sansure Biotech 2019-NCOV rezilta yo tès yo te siyifikativman diferan de rezilta yo CRS (P = 0.031) (Tab 2).
Jan yo montre nan fig frans.1 Pousantaj ki pi ba valè CT (<20 ct) nan Abbott SARS-COV-2 tès (konbine RDRP ak N jèn) te 87.6% ak ORF1A/B valè jèn CT nan SANSURE BIOTECH 2019-NCOV tès te montre ke pousantaj la nan valè CT ki ba (<20 CT) te 50.3% ak segondè a ak 3. 1 Pousantaj ki pi ba valè CT (<20 ct) nan Abbott SARS-COV-2 tès (konbine RDRP ak N jèn) te 87.6% ak ORF1A/B valè jèn CT nan SANSURE BIOTECH 2019-NCOV tès te montre ke pousantaj la nan valè CT ki ba (<20 CT) te 50.3% ak segondè a ak 3.Jan yo montre nan fig frans.1, п п н н з з з з зн ан а ан а. Orf1a/b анализа Sansure Biotech 2019-ncov показало что процент низкого значения ct ( составляло 3,2%. 1, pousantaj nan ki pi ba CT valè (<20 ct) analiz de Abbott SARS-CoV-2 (konbine jèn RDRP ak N) te 87.6%, ak valè a CT nan analiz jèn ORF1A/B nan Sansure Biotech 2019-NCOV te montre ke pousantaj la nan valè CT (<20 CT) kont pou akimans ak kont li, ak < 3.2%.1 所示 ， Abbott Sars-cov-2 检测 （结合 rdrp 和 n 基因） 的最低 CT 值百分比 （<20 CT） 为 87.6%， SANSURE BIOTECH 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为的百分比为 3.2%。 Jan yo montre nan Figi 1, ki pi ba CT valè pousantaj la (<20 ct) nan Abbott SARS-COV-2 tès (konbinezon de jèn RDRP ak N) se 87.6%, ORF1A/B jèn CT valè nan Sansure Biotech 2019-NCOV tès ki ba CT 值 (<20 CT) 的 pousantaj se 50. 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott sars-cov-2 (сетающий гены rdrp и n) 87,6%, а значение ct гена orf1a/b и иссenmen а анализ ncov показал низзий CT. Jan yo montre nan Figi 1, Abbott SARS-COV-2 tès la (konbine RDRP a ak N jèn) te gen pi ba pousantaj la CT valè (<20 ct) nan 87.6%, pandan y ap valè a CT nan ORF1A/B jèn nan SANSURE BIOTECH 2019 etid la-analiz la nan NCOV te montre yon CT ki ba. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, yon поцент соких значений CT (36-40 ct) составил 3,2%. Pousantaj nan valè (<20 ct) te 50.3%, ak pousantaj la nan valè CT segondè (36-40 ct) te 3.2%.Tès Abbott SARS-COV-2 B anrejistre valè CT pi wo a 30. Nan lòt men an, sou BGI SARS-COV-2 tès ORF1A/B jèn la te gen yon valè CT segondè (> 36 CT) pousantaj te 4% (Fig. 1). Nan lòt men an, sou BGI SARS-COV-2 tès ORF1A/B jèn la te gen yon valè CT segondè (> 36 CT) pousantaj te 4% (Fig. 1). А г г Nan lòt men an, nan analiz la nan BGI SARS-COV-2 jèn ORF1A/B te gen yon valè CT segondè (> 36 CT), pousantaj la nan yo ki te 4% (Fig. 1).另一方面 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。 Nan lòt men an, nan BGI SARS-COV-2 deteksyon, pousantaj la nan ORF1A/B jèn ki gen gwo valè CT (> 36 ct) se 4% (Figi 1). С д д стороны, анализе bgi sars-cov-2 процент г г р р. Nan lòt men an, nan BGI SARS-COV-2 analiz la, pousantaj la nan ORF1A/B jèn ak valè CT segondè (> 36 ct) te 4% (Fig. 1).
Nan etid sa a, nou te pran 164 echantiyon nasofarinyen. Pou tout kalite assay, RNA izolasyon ak anplifikasyon te fè lè l sèvi avèk metòd yo ak twous rekòmande pa manifaktirè yo respektif.
Etid sa a demontre ke tès Abbott pou SARS-CoV-2 gen menm pèfòmans deteksyon an tankou CRS, ak 100% pozitif, negatif, ak concordance an jeneral. Akò Kappa Cohen a se 1.00, ki endike tout akò ak CRS. Yon etid ki sanble pa Inivèsite a nan Washington nan peyi Etazini an te jwenn ke sansiblite a an jeneral ak espesifik nan tès la Abbott pou SARS-CoV-2 te 93% ak 100%, respektivman, konpare ak laboratwa-detèmine tès la (LDA) nan CDC la. 11. Sistèm deteksyon Abbott SARS-COV-2 la baze sou deteksyon similtane konbine jèn N ak RDRP yo, paske tou de jèn yo pi sansib, minimize fo negatif12. Yon etid nan Vyèn, Otrich te montre tou ke gwo ekstraksyon echantiyon komèsan ak deteksyon komèsan eluent minimize efè dilution ak ogmante efikasite deteksyon13. Se konsa, pafè matche ak Abbott a pou SARS-COV-2 tès la kapab asosye ak yon sistèm deteksyon platfòm ki ansanm detekte jèn konbinatwar, Ekstrè yon gwo kantite echantiyon (0.5 mL), epi li sèvi ak yon gwo kantite lajan pou elu (40 µL).
Rezilta nou yo te montre tou ke pèfòmans deteksyon nan tès jenetik DAAN te prèske menm jan ak CRS. Sa konsistan avèk yon etid14 ki fèt nan Inivèsite Anhui nan Huainan, Lachin, ak reklamasyon manifakti a nan 100% akò pozitif. Malgre rapò sou rezilta ki konsistan, yon sèl echantiyon te fo negatif apre yo fin retesting menm eluate a, men li te pozitif nan Abbott SARS-COV-2 a ak SANSURE BIOTECH NCOV-2019 assay. Sa a sijere ke ka gen variation nan rezilta atravè diferan kalite analiz. Men, nan etid la te pote soti nan Lachin15, rezilta a nan Daan jèn épreuve a te siyifikativman diferan (P <0.05) konpare ak laboratwa-defini referans yo. Men, nan etid la te pote soti nan Lachin15, rezilta a nan Daan jèn épreuve a te siyifikativman diferan (P <0.05) konpare ak laboratwa-defini referans yo. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лоораторного эталонного анализа. Sepandan, nan yon etid nan Lachin15, rezilta analiz Daan Gene a te siyifikativman diferan (P <0.05) soti nan analiz referans laboratwa yo.然而 在中国进行的研究中 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0.05）。然而 在中国进行的研究中 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 . сравнению е его эталонны л ораторныы тестом. Sepandan, nan yon etid nan Lachin15, rezilta yo nan tès jenetik DAAN a te siyifikativman diferan (P <0.05) konpare ak tès laboratwa referans li yo.Diferans sa a ka rive akòz sansiblite tès referans lan pou detekte SARS-CoV-2, epi etid plis ka enpòtan pou detèmine kòz la.
Anplis de sa, etid nou an evalye pèfòmans nan konparatif nan SARS-COV-2 BGI tès la ak CRS, ki montre ekselan akò pousantaj pozitif (PPA = 97.9%), akò pousantaj negatif (NPA = 100%), ak akò pousantaj an jeneral pa sèks (OPA). ). = 98.8%). Valè Kappa Cohen a te montre bon akò (K = 0.975). Etid nan Netherlands16 ak Lachin15 yo te montre rezilta ki konsistan. Tès SARS-COV-2 BGI se yon tès deteksyon jèn (ORF1A/B) lè l sèvi avèk 10 µL anplifikasyon/deteksyon eluate. Malgre bon akò estatistik ak rezilta referans nou an, analiz la rate de echantiyon pozitif (1.22%) nan echantiyon total la. Sa a ka gen gwo enplikasyon nan klinik pou dinamik transmisyon nan tou de pasyan an ak nivo kominote a.
Yon lòt analiz konparatif ki enkli nan etid sa a te Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) tès la; Pousantaj nan matche ak an jeneral te 96.3%. Te fòs la nan akò tou detèmine pa valè kappa Cohen a, ki te 0.925, ki endike tout akò ak CRS la. Ankò, rezilta nou yo idantik ak etid ki fèt nan Central South University nan Changsha, Lachin, ak nan Depatman Laboratwa nan klinik nan Lopital Liuzhou Pèp la, Liuzhou City, China17. Menm si te pi wo a bon concordance estatistik anrejistre, tès la chi-kare (MacNemar tès) te montre ke rezilta a nan Sansure biotech la tès te gen yon diferans estatistik enpòtan konpare ak CRS (P <0.005). Menm si te pi wo a bon concordance estatistik anrejistre, tès la chi-kare (MacNemar tès) te montre ke rezilta a nan Sansure biotech la tès te gen yon diferans estatistik enpòtan konpare ak CRS (P <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий макнемара) показал, что результ анализs biotech имеет с ((((саа рра рраоооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооо сра ((оооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооооо саа рра рра р. 0,005). Malgre ke yo te anrejistre bon akò estatistik ki anwo a, tès Chi-kare a (tès McNemar) te montre ke rezilta tès biotech Sansure a te gen yon diferans estatistik siyifikatif konpare ak CRS (P <0.005).， 但卡方检验 （（Macnemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 （P <0.005）。尽管 记录 了 良好 统计 一致性 但 检验 （（（（（（， ， ， ， ， ， ， （（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） .. сtifye значимую разницу (p <0,005) межñ анализом Sansure biotech и crs. Malgre bon akò estatistik ki endike anwo a, tès chi-kare a (tès McNemar) te montre yon diferans estatistik enpòtan (P <0.005) ant tès biotech Sansure ak CRS la.Sis echantiyon (3.66%) yo te jwenn yo dwe negatif fo konpare ak CRS (Siplemantè Tab 1); Sa enpòtan anpil, espesyalman bay dinamik transmisyon viris la. Done ki anwo yo tou sipòte sa a ki ba deteksyon to15.
Nan etid sa a, valè CT yo te detèmine pou chak tès ak platfòm respektif, ak pi ba valè a vle di CT rapòte nan Abbott SARS-COV-2 tès la. Rezilta sa a ka ki gen rapò ak similtane similtane sistèm tès jenetik Abbott la pou deteksyon an nan SARS-CoV-2. Se poutèt sa, dapre Figi 1, 87.6% nan Abbott SARS-COV-2 rezilta te gen valè CT anba a 20. Se sèlman yon ti kantite rezilta echantiyon (12.4%) yo te nan seri a 20-30. Valè CT pi wo a 30 yo pa te anrejistre. Anplis de itilizasyon Abbott nan fòma tès jenetik SARS-COV-2, rezilta sa a ka gen rapò ak limit deteksyon ki pi ba (32.5 kopi RNA/ml) 18, ki se twa fwa pi ba pase limit pi ba konpayi an nan 100 kopi RNA/ml. ML) 19.
Etid sa a gen kèk limit: premyèman, nou pa gen metòd estanda/referans [tankou chaj viral oswa lòt tès laboratwa (LDA)] akòz mank de resous yo. Dezyèmman, tout espesimèn yo itilize nan etid sa a yo te nasofarinyen tanporè, pandan y ap rezilta yo pa t 'aplikab a lòt kalite echantiyon, ak twazyèm, gwosè echantiyon nou an te piti.
Etid sa a konpare pèfòmans nan kat RRT-PCR assay pou SARS-CoV-2 lè l sèvi avèk echantiyon nasopharyngeal. Tout analiz deteksyon te gen pèfòmans prèske konparab, ak eksepsyon de Sansure Biotech épreuves la. Anplis, yo te idantifye to pozitivite a nan tès la Sansure biotech konpare ak CRS la (P <0.05). Anplis, yo te idantifye to pozitivite a nan tès la Sansure biotech konpare ak CRS la (P <0.05). Кроме того, т тесте Sansure biotech ыл ыывлен низкий процент положительных рез espwa п. Anplis de sa, tès la Sansure biotech te montre yon pousantaj ki ba nan rezilta pozitif konpare ak CRS (P <0.05).此外 与 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。此外 与 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0.05)。 Кроме того, анализ sansure biotech имел более низкий ou Anplis de sa, Sansure Biotech tès la te gen yon pousantaj pi ba pozitivite konpare ak CRS (P <0.05).Analiz Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) nan PPA, NPA ak akò jeneral depase 93.5% ak yon fòs Cohen Kappa nan valè akò nan 0.925. Finalman, Sansure Biotech tès la (RUO) bezwen plis validasyon pou itilize nan peyi Letiopi, ak rechèch adisyonèl yo ta dwe konsidere yo evalye reklamasyon nan men manifaktirè endividyèl.
Konsepsyon etid konparatif te fèt nan kat enstalasyon sante nan Addis Ababa, Eka Kotebe Lopital, Millennium Legliz Tretman Sant, Zewooditu Memorial Hospital, ak St Pyè a Tibèkiloz Espesyalis Lopital. Done yo te kolekte ant Desanm 1 ak 31, 2020. Enstalasyon medikal yo pou etid sa a yo te eksprè chwazi ki baze sou gwo kantite ka yo ak disponiblite a nan sant tretman pi gwo nan vil la. Menm jan an, enstriman mizik, ki gen ladan ABI 7500 ak Abbott M2000 an tan reyèl enstriman PCR, yo te chwazi dapre rekòmandasyon yo nan manifaktirè yo reyaktif NAAT, ak kat twous deteksyon PCR yo te chwazi pou etid sa a, kòm pi fò laboratwa nan peyi Letiopi itilize omwen omwen kat nan yo. Tès Gene, Abbott SARS-COV-2 tès, tès Sansure Biotech, ak SARS-COV-2 tès BGI fèt pandan etid la).
Tès pou SARS-CoV-2 te fèt soti nan 1 a 30 Desanm 2020 lè l sèvi avèk 3 mL nan mwayen transpò viral (VTM) (Miraclean Teknoloji, Shenzhen, Lachin) soti nan moun ki anba envestigasyon pou COVID-19 refere yo bay EPHI. Echantiyon nasopharyngeal yo te ranmase pa pèseptè echantiyon ki resevwa fòmasyon epi yo voye nan Ephi nan pake trip. Anvan izolasyon asid nikleyik, chak echantiyon yo asiyen yon nimewo idantifikasyon inik. Ekstraksyon fèt nan chak echantiyon imedyatman sou arive lè l sèvi avèk metòd ekstraksyon manyèl ak otomatik. Kidonk, pou ekstraksyon otomatik Abbott M2000, 1.3 mL (ki gen ladan 0.8 mL volim mouri ak 0.5 mL volim Inlet) nan echantiyon an te extrait soti nan chak echantiyon ak pase nan sistèm nan preparasyon echantiyon ADN Abbott (Abbott Molekilè Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Yon pakèt 96 [92 echantiyon, de kontwòl deteksyon ak de kontwòl ki pa modèl (NTC)] te enkli nan pwosesis la an jeneral (Rekipere ak deteksyon) nan de jij nan SARS-CoV-2 (EUA) nan tan reyèl. min. Menm jan tou, pou fè ekstraksyon manyèl, sèvi ak echantiyon yo menm (pou ekstraksyon otomatik ak dekouvèt). Se konsa, nan tout pwosesis la, 140 µL echantiyon yo te aliquoted ak extrait lè l sèvi avèk QIAAMP viral RNA mini twous lan (Qiagen GmbH, Hilden, Almay) nan lo nan 24 (ki gen ladan 20 echantiyon, de kontwòl tès ak de NTCs) sou nèf jij. Manyèlman extrait eluates yo te anplifye ak detekte lè l sèvi avèk yon ABI 7500 siklòn tèmik lè l sèvi avèk SARS-COV-2 BGI épreuve, DAAN jèn épreuve, ak Sansure Biotech épreuve.
Izolasyon otomatik ak pirifye nan SARS-COV-2 RNA viral swiv prensip la mayetik chaplèt lè l sèvi avèk Abbott ADN echantiyon preparasyon pou reyaktif. Se inaktivasyon nan echantiyon yo ak solubilization nan patikil viral te pote soti lè l sèvi avèk yon savon ki gen guanidine isothiocyanate denature pwoteyin la ak inaktif RNase. Se RNA a Lè sa a, separe de pwoteyin lan pa separasyon faz solid lè l sèvi avèk silica, sa vle di sèl la guanidinium ak pH la alkalin nan tanpon an lysis ankouraje obligatwa nan asid yo nikleyik nan silica a (SIO2). Etap la rense retire pwoteyin ki rete ak debri yo pwodwi yon solisyon klè. RNA transparan izole nan mikropartik ki baze sou silica lè l sèvi avèk mayetik enstriman an 20,21. Nan lòt men an, se izolasyon manyèl ak pou pirifye nan RNA te pote soti nan metòd la kolòn vire lè l sèvi avèk santrifigasyon olye pou yo yon kanpe mayetik ak separasyon nan mikropartikul soti nan eluan la.
Tès deteksyon Abbott an tan reyèl SARS-CoV-2 (Abbott Molekilè, Inc.) te fèt dapre enstriksyon fabrikan an, ki te resevwa EUA19,22 nan OMS ak FDA. Nan pwotokòl sa a, yo te fè ekstraksyon echantiyon anvan ekstraksyon nan yon beny dlo nan 56 ° C pou 30 min. Apre inaktivasyon viris la, yo te fè ekstraksyon asid nikleyik sou yon enstriman Abbott M2000 SP soti nan 0.5 mL VTM lè l sèvi avèk yon Abbott M2000 sistèm preparasyon echantiyon ADN. Dapre manifakti a. Anplifikasyon ak deteksyon yo te fè lè l sèvi avèk yon Abbott M2000 RT-PCR enstriman, ak deteksyon doub te fèt pou RDRP ak N jèn yo. Rox) ak Vic P (propriétaires lank) pou vize ak deteksyon nan kontwòl entèn yo, sa ki pèmèt deteksyon similtane nan tou de pwodwi anplifikasyon 19.
Se metòd la deteksyon anplifikasyon nan twous sa a ki baze sou yon sèl-etap teknoloji RT-PCR. Jèn yo ORF1A/B ak N yo te chwazi kòm rejyon konsève pa teknoloji DAAN jèn yo detekte sib anplifikasyon rejyon an. Premye espesifik ak sond fliyoresan (n jèn sond ki make ak FAM, ORF1A/B sond ki make ak VIC) yo te fèt yo detekte SARS-COV-2 RNA nan echantiyon yo. Melanje final la eluan ak mèt yo te prepare pa ajoute 5 µL nan eluent a 20 µL nan melanj la mèt nan yon volim final la nan 25 µL. Anplifikasyon ak deteksyon yo te fè ansanm sou yon ABI 750024 an tan reyèl enstriman PCR.
Jèn ORF1A/B ak N yo te detekte lè l sèvi avèk Sansure Biotech NCOV-2019 asid nikleyik twous dyagnostik la (deteksyon fliyoresan PCR). Prepare sond espesifik pou chak jèn sib pa chwazi kanal la FAM pou rejyon an ORF1A/B ak kanal la ROX pou jèn la N. Pou twous sa a tès, eluent ak mèt reyaktif melanje yo te ajoute jan sa a: Prepare 30 µL Mèt Mix reyaktif ak 20 µL echantiyon eluted pou deteksyon/anplifikasyon. An tan reyèl PCR ABI 750025 te itilize pou anplifikasyon/deteksyon.
Tès SARS-COV-2 BGI se yon twous fliyoresan an tan reyèl RRT-PCR pou dyagnostik COVID-19. Se rejyon an sib ki sitiye nan rejyon an ORF1A/B nan SARS-COV-2 genomic la, ki se yon sèl metòd deteksyon jèn. Anplis de sa, jèn moun nan kenbe β-actin se yon jèn sib intern reglemante. Se melanj lan mèt prepare pa melanje 20 µL nan reyaktif nan Mèt Mèt ak 10 µL nan echantiyon an RNA extrait nan yon plak byen26. Yon ABI 7500 fliyoresan quantitative tan reyèl enstriman PCR te itilize pou anplifikasyon ak deteksyon. Tout anplifikasyon asid nikleyik, kondisyon kouri PCR pou chak tès, ak entèpretasyon nan rezilta yo te fèt dapre enstriksyon manifakti respektif la (Tab 3).
Nan analiz sa a konparatif, nou pa t 'sèvi ak metòd la referans estanda detèmine akò pousan (pozitif, negatif, ak an jeneral) ak lòt paramèt konparezon pou kat analyses yo. Chak konparezon tès te fè ak CRS, nan etid sa a CRS la te mete pa règ la "nenpòt ki pozitif" ak rezilta a te detèmine, pa pa yon tès sèl, nou itilize omwen de rezilta tès matche. Anplis de sa, nan ka COVID-19 transmisyon, fo rezilta negatif yo pi danjere pase fo rezilta pozitif. Se poutèt sa, yo di "pozitif" kòm byen ke posib soti nan yon rezilta CRS, omwen de tès tès yo dwe pozitif, sa vle di ke omwen yon rezilta pozitif gen chans rive nan yon tès EUA. Se konsa, soti nan kat rezilta tès, de oswa plis rezilta tès ki bay menm rezilta a yo konsidere kòm vre pozitif oswa negatif18,27.
Done yo te kolekte lè l sèvi avèk estriktire done ekstraksyon fòm, done antre ak analiz yo te fè lè l sèvi avèk Excel lojisyèl estatistik ak SPSS vèsyon 23.0 pou estatistik deskriptif. Yo te analize akò pozitif, negatif, ak an jeneral, epi yo te itilize yon nòt kappa pou detèmine degre akò chak metòd ak CRS. Valè kappa yo entèprete jan sa a: 0.01 a 0.20 pou akò modere, 0.21 a 0.40 pou akò jeneral, 0.41-0.60 pou akò modere, 0.61-0.80 pou pi gwo akò ak 0.81-0.99 pou akò konplè28.
Clearance etik te jwenn nan inivèsite University of Addis Ababa ak tout pwotokòl eksperimantal pou etid sa a yo te apwouve pa Etyopyen Sante Piblik Enstiti a syantifik Komisyon Konsèy Revizyon Etik. Nimewo referans lan pou lisans EPHI etik la se EPHI/IRB-279-2020. Tout metòd yo te aplike an akò avèk rekòmandasyon yo ak dispozisyon ki nan Etyopyen Nasyonal la Comprehensive Gid pou tretman pou COVID-19. Anplis de sa, yo te jwenn konsantman enfòme ekri nan tout patisipan etid anvan patisipasyon nan etid la.
Tout done yo jwenn oswa analize nan etid sa a yo enkli nan atik sa a pibliye. Done ki sipòte rezilta yo nan etid sa a yo disponib nan otè a respektif sou demann rezonab.
Òganizasyon mondyal pou lasante. Rekòmandasyon pou estrateji tès laboratwa pou COVID-19: konsèy pwovizwa, 21 mas, 2020 No. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Dyagnostik nan Depatman Ijans: Tout-an nan pratik. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Dyagnostik nan Depatman Ijans: Tout-an nan pratik.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ak Gurgulianis, ki dyagnostik entelijan nan COVID-19 nan depatman ijans lan: tout bagay nan pratik.Muliou DS, Pantazopoulos I. ak Gurgulyanis ki dyagnostik entelijan nan COVID-19 nan depatman ijans: fen-a-fen entegrasyon nan pratik. Ekspè Reveran Respire. remèd. 3, 263-272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evalyasyon nan ID a COVID19 Koulye a, EUA Essay. Mitchell, SL & St George, K. Evalyasyon nan ID a COVID19 Koulye a, EUA Essay.Mitchell, SL ak St George, K. Evalyasyon nan ID a COVID19 Koulye a, EUA épreuve.Mitchell SL ak St George K. Evalyasyon nan ID a COVID19 Koulye a, EUA Essay. J. nan klinik. Viris. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Deteksyon laboratwa nan maladi coronavirus 2019 (COVID-19) nan sispèk maladi moun. https://www.who.int/publications/i/Item/10665-331501 (jwenn aksè 15 Out 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Dyagnostik COVID-19: Maladi ak zouti tès yo. ACS Nano 14 (4), 3822-3835 (2020).
Syed S. et al. Kreyasyon Kolèj la nan Patolog nan lès, santral ak Afrik di sid - Lekòl Rejyonal nan Patoloji nan Mwayen Oryan an ak Lafrik di sid. Afrik. J. Laboratwa. remèd. 9 (1), 1-8 (2020).
Etyopyen Enstiti pou Sante Piblik, Ministè Federal Sante. Pwovizwa estrateji nasyonal ak konsèy pou dyagnostik laboratwa nan COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (jwenn aksè 12 out 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kòm fo tès negatif pou SARS-CoV-2 defi enfeksyon ak enplikasyon. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kòm fo tès negatif pou SARS-CoV-2 defi enfeksyon ak enplikasyon.Voloshin S., Patel N. ak Kesselheim kòm tès fo-negatif pou SARS-CoV-2 enfeksyon ak konsekans yo.Voloshin S., Patel N. ak Kesselheim kòm tès fo-negatif pou pwovokasyon ak enpak enfeksyon SARS-CoV-2. N. Eng. J. Medsin. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, ki fo-pozitif ak fo-negatif COVID-19 ka: prevansyon respiratwa ak estrateji jesyon, vaksinasyon, ak plis pèspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, ki fo-pozitif ak fo-negatif COVID-19 ka: prevansyon respiratwa ak estrateji jesyon, vaksinasyon, ak plis pèspektiv. Mouliou, DS & Gourgoulianis, ki ложноположительные и ложноотрицательные случаи covid-19: вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI fo ka pozitif ak fo negatif nan COVID-19: prevansyon respiratwa ak estrateji tretman, vaksinasyon ak wout la pi devan.Muliu, DS ak Gurgulianis, KI fo-pozitif ak fo ka-negatif nan COVID-19: Estrateji pou prevansyon respiratwa ak tretman, vaksinasyon ak wout la pi devan. Ekspè Reveran Respire. remèd. 15 (8), 993-1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 dyagnostik nan depatman ijans lan: wè pyebwa a men pèdi forè a. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 dyagnostik nan depatman ijans lan: wè pyebwa a men pèdi forè a.Mouliou, DS, Ioannis, P. ak Konstantinos, G. Covid-19 dyagnostik nan depatman ijans lan: gade pyebwa a, pèdi forè a.Muliou DS, Ioannis P., ak Konstantinos G. Covid-19 dyagnostik nan chanm ijans: pa ase forè pou pyebwa yo. Parèt. remèd. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-zanj, E. et al. Validasyon ak validasyon nan pèfòmans nan analyse ak klinik nan Abbott Realtime SARS-COV-2 tès la. J. nan klinik. Viris. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparezon senk ansanm Jadendanfan soti nan rejyon genomic diferan nan COVID-19 pou deteksyon nan enfeksyon viris pa konvansyonèl RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparezon nan senk ansanm Jadendanfan soti nan rejyon genomic diferan nan COVID-19 pou deteksyon nan enfeksyon viris pa konvansyonèl RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ak Aflatunyan, B. Konparezon nan senk kouche nan prime soti nan diferan rejyon nan COVID-19 genomic la pou deteksyon nan enfeksyon viral pa RT konvansyonèl yo. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoone, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Konparezon 5 diferan rejyon jenetik nan COVID-19 pou deteksyon nan enfeksyon viral pa konvansyonèl RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ak Aflatunyan B. Konparezon nan senk kouche nan prime soti nan diferan rejyon nan COVID-19 genomic la pou deteksyon nan enfeksyon viral pa konvansyonèl RT-PCR.Iran. J. Mikrobyoloji. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Rezilta preliminè nan pwogram nasyonal evalyasyon bon jan kalite ekstèn pou deteksyon an nan SARS-CoV-2 sekans genomic. J. nan klinik. Viris. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Evalyasyon analyse nan efikasite nan senk RT-PCR twous pou grav egi respiratwa sendwòm coronavirus 2. J. nan klinik. laboratwa. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Evalyasyon nan sèt Commerce disponib SARS-COV-2 twous deteksyon RNA nan Lachin ki baze sou an tan reyèl reyaksyon chèn polymerase (PCR). nan klinik. Chimik. laboratwa. remèd. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, Pb et al. Konparezon nan sèt komèsyal RT-PCR COVID-19 twous dyagnostik. J. nan klinik. Viris. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Konparezon nan pèfòmans dyagnostik nan de twous PCR pou deteksyon an nan SARS-CoV-2 asid nikleyik. J. nan klinik. laboratwa. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR, elatriye. dyagnostik. mikrobyoloji. Enfekte. dis. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molekil. Abbott an tan reyèl SARS-CoV-2 pake analiz insert. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-Disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Kòm nan Out 10, 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA izolasyon lè l sèvi avèk pèl mayetik pou rapid gwo-echèl deteksyon pa RT-qPCR ak RT-lanp. Viris 12 (8), 863 (2020).